Акт унии предусматривал отказ от принятой ранее процедуры обособленного избрания и возведения на престол великого князя литовского. Общий монарх должен был избираться совместно и короноваться в Кракове. Поскольку сохранялись государственный титул и отдельная администрация ВКЛ, то провозглашение избранного короля великим князем литовским должно было осуществляться одновременно. Отдельных сеймов для двух частей государства не предусматривалось. Общие сеймы должны были, согласно условиям унии, созываться только в Польше. Так, после Люблинской унии Польша, воспользовавшись тяжелым внешнеполитическим положением и противоречиями внутри феодального сословия ВКЛ, стала добиваться главенства в Речи Посполитой. Общий сейм имел законодательную, частично судебную власть и состоял из двух палат – Сената Речи Посполитой (в него входили магнаты, представители центральной и провинциальной администрации, верхи католической церкви) и Посольской избы, в которую избирались шляхтичи-депутаты (послы) по два от каждого повета. На территории Короны поветов насчитывалось почти вдвое больше, чем в ВКЛ. Среди общего числа сенаторов (140) на вальных сеймах только 27 было от Княжества. Подобная диспропорция сохранялась и в дальнейшем. В Посольской избе из 114 послов только 48 представляли ВКЛ. С 1652 г. было введено правило единогласия при принятии решений. Сейм принимал законы, общие для всей территории страны, а также отдельно для Польши и для ВКЛ. Оговаривалась возможность обсуждения своих проблем на сеймовых сессиях и вне их, в самой Польше и в ВКЛ. В Великом княжестве действовали своды законодательных актов – Статуты 1529 г., 1566 г., 1588 г. Исключительно в компетенции Речи Посполитой находилась внешняя политика. Все прежние договоренности и законы, которые были направлены против интересов одной из частей новой страны, должны были быть отменены. Поляки получали право приобретения и владения землями в Великом княжестве, феодалы княжества – в Польше.
В то же время в ВКЛ полностью сохранялись свой административный аппарат управления, особое законодательство, судебная организация, при которой высшим судебным органом княжества с 1581 г. являлся Главный трибунал; вой ско, основой которого в XVI в. было «посполитое рушение» – всеобщее ополчение, состоявшее из шляхты и солдат – военнообязанных мужчин, которых выставлял со своих земельных владений каждый шляхтич. Сохранились и официальные названия государств при существовании общего названия «Речь Посполитая», и печати с символами государств (в княжестве – изображение «Погони», в Польше – изображение «Орла»), и граница между государствами. Языком официального делопроизводства в Великом княжестве Литовском остался старобелорусский, в Польше – польский и латинский.
Таким образом, после Люблинской унии отношения между ВКЛ и Польшей в значительной мере оставались такими же, как и при персональных униях до 1569 г. Новым было то, что союз двух государств был дополнен образованием Речи Посполитой. Речь Посполитая в первые десятилетия своего существования де-факто являлась государственным союзом (конфедерацией) Короны Польской и ВКЛ, который постепенно эволюционировал в реальную федерацию. От Люблинской унии и выиграли, и проиграли обе стороны. Польша добилась значительного увеличения территории за счет земель, ранее входивших в состав ВКЛ, но получила и опасную близость к Великому княжеству Московскому. Кроме того, возросла вероятность столкновений с Крымским ханством. В перспективе активная полонизация и окатоличивание приведут к зарождению национально-освободительного движения украинского народа. Великое княжество Литовское потеряло украинские земли, но смогло на несколько столетий продлить свое существование. Уния дала возможность добиться положительного перелома в Ливонской войне.