Вскоре на имя ректора университета, Абоской епархии епископа Тенгстрёма, последовал рескрипт, в котором говорилось: «С присоединением Финляндии к России среди попечений, обращаемых Нами на важнейшие части сего нового достояния, Промыслом Нам врученного, Абоский университет привлекает особенное Наше внимание. Храня спокойствие вообще всех обывателей Финляндии, Мы особенно желали, среди самых военных действий оградить сие ученое сословие уважением и покровительством... Ныне, когда предопределением Всевышнего судьба страны сей на всегда присоединена к Империи Российской, Мы приемлем на Себя приятную обязанность пещись о сохранении и распространении сего знаменитого установления. В таковом расположении намерений наших Мы ныне же удостоверяем и словом Нашим Императорским утверждаем силу всех прав и преимуществ Абоскому университету, доселе присвоенных и ныне существующих. Сверх сего Мы поручаем вам, пригласив всех членов университета положить на мере способы, какие вы признаете нужными к распространению и вящшему усовершенствованию сего заведения и представить Нам на усмотрение»... В С.-Петербурге Июня 4 дня 1808 г. подп.: Александр. Контрассигнован: министр просвещения Граф Петр Заводовский.
На основании прежних постановлений университет имел право избирать себе канцлера. Применительно к тем же законам, Государь разрешил ему на этот раз избрать себе канцлера из русских сановников, и так как университет, за незнанием России, стеснялся в выборах и просил самого Монарха назначить канцлера, то Александр I поручил эту должность M. М. Сперанскому — тогда действительному статскому советнику, статс-секретарю и товарищу министра юстиции. То был 17-й канцлер Абоского университета.
«Чтобы дать понять о положении здания университета, — писал Я. Грот, — довольно сказать, что профессор Францен садился на кафедру в тулупе и меховых сапогах. Г-жа Сталь, в книге «Les dix années d’exil», описывая свою поездку в Финляндию, нашла, вероятно, университет в очень плохом состоянии, так как заявила что «в нем делают попытки к образованию ума», a близкое соседство медведей и волков в зимнее время поглощает всю мысль необходимостью обеспечить себе сносное физическое существование»... Столь развязное и фантастическое отношение г-жи Сталь к высшему учебному заведению, вызвало возражение русского современника, который отнес такое описание к легкомыслию её пола.
Несомненно, что во время шведского владычества материальные Средства «Абоской академии» были очень скудны. Объяснение этого обстоятельства кроется в том, что на содержание академии отделено было значительное число казенных имений, но доход с них она должна была взимать сама.
Нередко, особенно в военное время, этот источник иссякал, так как крестьяне не в состоянии были вносить оброка. Недостаток в денежных средствах естественно отзывался неблагоприятно и на ученой деятельности профессоров университета. Сама академия долгое время помещалась в тесном и невзрачном доме. Лишь в 1802 году, в присутствии короля Густава IV Адольфа, состоялась закладка для нее нового и более просторного здания, постройка которого, однако, подвигалась очень медленно.
Несмотря на это, Г. М. Армфельту, в начале его русской карьеры, когда ему нужно было представить в возможно выгодном свете свою родину, он во всеподданнейшей записке 1810 г. заявил, что «Абоская академия обладает всеми необходимыми для народного образования материалами. С придачей ей нескольких учителей языков и физических упражнений, эта академия могла бы стать в ряду первых в Европе».
С переходом Финляндии во власть России, для университета настали более красные дни. Вскоре за первой субсидией последовала вторая. О ней хлопотал вице-канцлер Яков Тенгстрём через нового канцлера Сперанского.
Тенгстрём был один из тех финляндцев, которые ранее других признали власть России. Соотечественники заподозрили его. Г. Ф. Шернваль писал Армфельту 13 сентября 1811 года: «Не могу скрыть как от других, так и от самого себя, что не доверяю истинным намерениям иных людей. Абоский епископ, например, одинаково желает быть уважаем, как шведским государственным советом, так и русским правительством; — но как все это может вязаться с истинными будущими благами Финляндии»?
Поведение Тенгстрёма за первый период войны действительно остается таинственным, и он сам поспешил сжечь в июне 1808 года свою политическую корреспонденцию.