В 1648 г. в Москве и десятках других городов вспыхнули общественные беспорядки. К этому времени служилое сословие уже очень хорошо осознавало свое военное отставание, особенно когда Морозов вновь принялся модернизировать армию, что способствовало распространению массового недовольства, закончившегося бунтом. Служилые люди отдавали себе отчет в том, что они не обладают техническими навыками, которые либо оправдывали бы их привилегии, либо отличали бы их от массы крестьянства. Тем не менее они высоко ценили свою власть над крестьянами (от которых они юридически и социально отделялись все больше) и стремились сохранить свое положение и свое господство над недавно униженными крестьянами. В 1648 г. обезумевшее служилое сословие в очередной раз потребовало отмены срока сыска беглых крестьян, что укрепило бы их привилегии и повысило бы их социальный статус и, как надеялись его члены, облегчило их экономическое положение. Правительство с неохотой, опасаясь беспорядков и надеясь приобрести поддержку среднего служилого сословия во время кризиса, удовлетворило их просьбу в своде законов – Соборном уложении 1649 г. До этого времени отмена права выхода на Юрьев день считалась временной мерой. Не говоря об этом явно, Уложение на самом деле делало этот запрет постоянным. В результате крестьяне, не имевшие больше возможности легального выхода и навсегда подлежавшие возврату, если они совершали переход нелегально, оказались закрепощенными. Благодаря гипертрофии государственной власти в России правительство смогло законодательной инициативой создать жестко расслоенное общество. Не столько опасения вспышки крестьянского восстания мешали правительству ввести крепостное право раньше, сколько тот факт, что это противоречило интересам магнатов, которым перемещение крестьян приносило лишь выгоду.
В период Тринадцатилетней войны (1654–1667) с Польшей и Швецией отстававшая по всем параметрам поместная конница была смещена, а затем упразднена в пользу новой армии западного строя. Насколько можно судить, это сословие перестало служить в армии в большом количестве и не приняло на себя никаких новых функций в течение оставшейся части XVII в. Оно превратилось в привилегированных дворян. Крестьянство оставалось закрепощенным и продолжало содержать военное сословие, потерявшее свое центральное положение в Московии. После 1662 г. взаимность обязательств, характеризовавшая отношения крестьян и служилых людей, нарушилась: крестьяне перестали обладать правами, тогда как их господа значительно сократили свои обязательства. Крепостное право казалось анахронизмом. Этот институт был создан как политическая уступка в пользу избранных монастырей и ради помощи в содержании поместной конницы, но в 1660-х гг. монастыри процветали, а помещики перестали составлять костяк армии.
В процессе закрепощения крестьян происходило жесткое расслоение и всего остального общества. Очевидно, что переход горожан в закрытую касту последовал вслед за крепостным правом. До Смутного времени положение горожан мало заботило власти, хотя в 1590-х гг. в отношении их существовало некоторое законодательство. Катаклизм сильно повлиял на города. Многие города были уничтожены, большинство практически обезлюдели. К 1613 г. военные и церковные учреждения с налоговыми льготами стали переселяться и захватывать города. Условия в городах продолжали ухудшаться до 1620-х гг.