Сельджукам необходимо было удерживать второй фронт, проходивший по границе империи Фатимидов. Вспомним, что Фатимиды принадлежали к исмаилитской ветви шиизма, и, считая себя хранителями тайных знаний, они стали пропагандировать свою веру в других землях. В Египте, несмотря на немалые усилия, они не распространили ее широко. Основная масса населения оставалась суннитской. Временами Фатимиды проявляли благосклонность к коптам, которые теперь отличались только религией от своих мусульманских собратьев. В XI и XII веках первые почти полностью отказались от коптского языка, перейдя на арабский, как уже давно поступали последние, ввиду большого числа смешанных браков с арабами. Фатимиды не проводили какой-либо последовательной политики в пользу коптов, и, значит, косвенно, во вред суннитского элемента, служащие низшего и среднего звена были в основном христиане с примесью иудеев. Они считались незаменимыми на административных должностях, необычайно аккуратно вели записи (некоторые дошедшие до нас учетные книги датируются XI веком). Была четко налажена работа в ирригационном департаменте, где глубокие знания вопроса были жизненно важны, и в департаменте налогов.
Как и при предыдущем режиме, удалось избежать разрыва с методами прошлого, всегда гибельного для древней речной цивилизации. Даже интеграция прежних районов в провинции, имевшая место при Фатимидах, прошла поэтапно. Мамлюки в Египте и монголы в Месопотамии позволили разрушить ирригационные системы и тем самым принесли долговременную экономическую разруху на эти земли. Военная организация была изолирована от гражданских служб и всегда оставалась только в руках мусульман.
Правление третьего Фатимида в Египте, аль-Хакима (996–1021), было временем тревожным. В высшей степени капризный и раздражительный человек, с годами повредившийся рассудком, этот правитель во всех своих делах бросался из одной крайности в другую. Он то собирал вокруг себя ученых (среди которых был знаменитый математик Ибн аль-Хайсам) и осыпал их милостями, то бросал их всех в тюрьму. Христиан он то преследовал, то проявлял к ним всяческую благосклонность. Он то разрешал самое безудержное распутство, то стремился восстановить общественную мораль строгими законами. Он все больше склонялся к экстремальному исмаилизму и со временем стал считать себя живым воплощением высшего существа. В конце концов он объявил себя таковым. Это вызвало отвращение у монотеистичных египтян, твердых сторонников суннизма. Но в Сирии, которой тогда владели Фатимиды, где языческие идеи еще были живы, во всяком случае в удаленных горных областях, еще были люди, готовые признать такое обожествление. Группа племен с юга Сирии была привлечена деяниями аль-Хакима и по наущению миссионера аль-Дарази объединилась в сообщество друзов (по имени миссионера), сделав обожествление аль-Хакима центральным пунктом своей доктрины. Этому, вероятно, помогло таинственное и так никогда не получившее объяснения исчезновение последнего в 1021 году. Сообщество друзов, которое не помещало ни Мухаммеда, ни Али в центр своей доктрины спасения, едва ли может считаться мусульманским. К тому же оно приняло некоторые древние языческие традиции. Оно сохранилось до сегодняшнего дня как обособленное сообщество, возможно, отчасти потому, что изначально являлось остатком какого-то древнего национального образования.
Это лишь один пример того, как Сирия постепенно превратилась в «лоскутное одеяло», составленное из самых разнообразных этнорелигиозных групп. Помимо многочисленных христианских сообществ и суннитов, здесь жили друзы, шииты-двунадесятники, исмаилиты и уже упомянутые ранее езиды. Наконец, в районе города Ладхикия (Латакия) жили люди, считавшие Али воплощением Бога и называвшие себя алавиты. Первоначально они назывались нусайриты. Поскольку они включили в свой культ разные христианские ритуалы, их в насмешку именовали «маленькими христианами». Они тоже, по сути, не являются мусульманами и существуют до сегодняшнего дня.
Преемники аль-Хакима (после 1021 года), оставшись исмаилитами, все же выбрали более умеренный путь. Им пришлось бороться с тем же беззаконием тюркских наемных войск, что и их соперникам Аббасидам в Багдаде. Порядок был восстановлен армянским визирем во время долгого правления аль-Мустансира (1036–1094), и страна вернула экономическое и культурное процветание. Правда, число иностранных солдат в армии продолжало возрастать. Они были по большей части тюрками и неграми. Ради них правительство отказывалось от старой системы сдачи в аренду государственных земель против предоплаты соответствующих налогов (даман) и приняло новую – передачи фьефа (икта), при этом не облагаемый налогом доход остается лицу, которому передана земля. В иностранных делах можно отметить поражения от сельджуков, которые взяли Иерусалим в 1071 году и Дамаск в 1076 году.