Фатимиды вели борьбу не только с сельджуками. Они обозначили свое присутствие, как защитников дела исмаилитов, даже в Персии. Они использовали те же средства, что привели их к успеху в Северной Африке и к подъему карматов (с которыми, однако, их отношения были по большей части враждебными): мистическая трактовка Корана, организация партии на основе тайных обществ и строгая внутренняя дисциплина. Они сумели закрепиться в Персии и даже привлечь на свою сторону саманидского правителя Насра II. Многие персы совершали путешествия к фатимидскому двору в Каире, в том числе Насир Хосров, чей путевой дневник является подробным рассказом о путешествии. Знак активности исмаилитов в Месопотамии присутствует в Расаил Ихван ас-Сафа (Письма искренних друзей), датированном 983 годом. Самая важная фигура – Хасан ас-Саббах. Хотя у него были иные убеждения, касающиеся личности наследственного получателя божественной милости, тем не менее он сослужил полезную службу в деле подрыва могущества сельджуков в Персии. Он укрылся на недоступной горной территории к югу от Каспийского моря, где сделал свою горную крепость Аламут (Орлиное гнездо) центром религиозного ордена. Говорят, что абсолютное распутство было правилом для верхушки ордена, но рядовых членов воспитывали в духе фанатичной готовности пожертвовать собой ради духовных наставников. Их систематически использовали как инструменты для политических убийств. Сами они, конечно, считали совершенные ими убийства религиозными, направленными против врагов истинного имама. Чтобы обеспечить их полную покорность воле лидера, им постоянно твердили о перспективе радостей рая. Возможно, для закрепления эффекта использовали гашиш – дистиллят конопли, поскольку от него секта получила название и от него же произошло английское и французское слово assassin. В 1092 году фидай (тот, кто готов пожертвовать жизнью) этой секты убил Низама аль-Мулька, когда тот не согласился пойти навстречу требованиям секты.
Это убийство нанесло критический удар государству сельджуков. В то время Низам аль-Мульк как раз был занят проведением внутренней реформы. В 1087 году он разрешил тюркским военным сохранять общий доход со своих фьефов вместо платы, которая прекратилась. До тех пор они, по крайней мере формально, имели право только на чистый доход, остающийся после вычета причитающихся государству налогов. После проведения реформы можно было надеяться, что они больше не будут обирать свои поместья дочиста, а потом обменивать их на другие. Хотя реформа Низама аль-Мулька означала лишь конец длительного процесса, система распространилась широко только в следующие десятилетия и была перенята османами. Однако все плановые изменения социального порядка прекратились, когда суверен аль-Мулька, Малик-шах, умер через несколько недель после его убийства. Последующие беспорядки из-за престолонаследия наглядно доказали, что раздел империи между принцами, имеющими разную степень пригодности к трону, не может обеспечить мир на земле.
Следующие тридцать лет стали свидетелями калейдоскопа взлетов и падений самых разнообразных претендентов и появления нескольких отколовшихся разнонаправленных движений, о которых мы не будем упоминать. Во время развязавшейся борьбы Фатимиды сумели вернуть утраченные ранее территории в Палестине. Иерусалим оказался в их руках в 1098 году. С воцарением на троне в 1105 году Мухаммеда, младшего сына Малик-шаха, мир и порядок были восстановлены и сельджуки могли вновь набирать силу. Они направляли свою энергию в основном против халифов Аббасидов, которые пытались активно вмешиваться в споры соперников, стремящихся к власти, а позже против ассасинов, становившихся все более надоедливыми. К 1118 году ассасины были уже на грани потери своей основной базы – крепости Аламут, когда Мухаммед внезапно умер. Считают, что он был отравлен ассасинами.
После этого сельджукская империя стала распадаться на разные княжества. Только в Персии процесс несколько десятилетий сдерживался уверенным правлением регента Санджара. В самих княжествах сельджукидов затмили, а потом и вовсе вытеснили атабеки, ставшие характерной чертой периода.