В Египте два визиря армянского происхождения, отец и сын, поддерживали порядок с 1073 по 1121 год. После этого, ввиду некомпетентности правящих халифов Фатимидов, власть перешла в руки противоборствующих военачальников, ни один из которых не продержался долго, поскольку, даже если среди них попадались способные люди, они быстро становились жертвами конкурентов. При таких обстоятельствах юный Фатимид аль-Адид был вынужден попросить вмешательства Нур ад-Дина, особенно когда франкские короли Иерусалима стали вмешиваться в его дела. Нур ад-Дин поручил это дело курдскому полководцу Ширкуху, который после ряда перипетий в 1169 году укрепился в Каире в качестве визиря. Довольно скоро он был убит и его власть перешла к сыну его не менее отважного брата Айюба (от которого династия получила свое имя – Айюбиды). Спустя два года его сын Салах ад-Дин, известный франкам как Саладин, покончил с династией Фатимидов. С ее падением исмаилитская доктрина, никогда не имевшая последователей за пределами придворных кругов, также исчезла из Нильской долины. Суннитская вера местного населения окончательно одержала верх, а процентное соотношение коптов в общей численности населения упало до одной десятой и таковым осталось до настоящего времени. С тех пор Египет стал оплотом суннитского ислама, а в будущем превратился в убежище для исламской науки и теологии. Школу аль-Азхар сначала закрыли, а после 1250 года снова открыли, преобразовав ее в суннитскую.
Нильская долина, в то время достигшая экономического процветания, стала базой для успешного наступления Саладина против крестоносных государств. Его он предпринял по глубоким религиозным мотивам с политической целью превратить Палестину и Сирию в передовую оборонительную зону, обеспечивающую безопасность Египта. Престиж Багдадского халифата оставался низким, а Северная Месопотамия частично была в руках кузенов Саладина, а частично – в руках других династий, ни одна из которых не могла помешать его планам. Его прежний феодальный лорд Нур ад-Дин умер в 1174 году, после чего он устранил сына покойного. Среди подготовительных мер к наступлению было установление взаимопонимания с главой ордена хашашинов – ассасинов Сирии, известным из истории крестоносцев как Горный старец – Шейх аль-Джабаль. Исмаилиты протянули свои щупальца из Персии в Сирию и сумели закрепиться в регионе, расположенном к западу от города Хама, откуда рассылали своих эмиссаров, являя собой постоянную угрозу и христианам и мусульманам. Саладин тоже завоевал плацдарм в Южной Аравии у города Сана, отправил туда ветвь своей семьи, которая правила до 1228 года, и на время установил свою юрисдикцию над шарифами Мекки (шарифат был восстановлен около 1200 года Катадой, предком короля Иордана и покойного короля Ирака). В 1187 году он начал наступление на крестоносцев и на удобной площади в районе Хиттина, к западу от Галилейского моря, разгромил короля Иерусалима, выступившего ему навстречу. Через несколько месяцев он взял Иерусалим, снова сделав его мусульманским.
Результатом этого события стала новая угроза его владениям, поскольку оно дало основания для Третьего крестового похода, лидером которого стал могущественный император Священной Римской империи Фридрих Барбаросса. Но военный потенциал этой экспедиции сильно снизился из-за смерти императора в Малой Азии. Саладин сохранил владение Иерусалимом, и, когда в 1192 году был заключен мир, ему пришлось всего лишь отдать крестоносцам несколько береговых участков. Латиняне всеми силами держались за свои порты. Вскоре после этого, 4 марта 1193 года, он умер, оставив после себя обширные владения, включавшие Египет, Сирию и Палестину (с некоторыми исключениями, о которых мы упомянули), и Верхнюю Месопотамию почти до Мосула. Размеры его владений были типичными для египетских империй, которые периодически возникали на протяжении истории.