Хотя Санджар сумел оправиться от этого удара, он потерпел еще одно поражение в 1153 году от рук племени огузов, которое ворвалось в Восточный Иран, убегая от каракитаев. Они взяли его в плен, и вскоре после освобождения Санджар умер. Это, по сути, сокрушило власть сельджуков в Персии. Преемники Санджара, которые правили до 1194 года, были не более чем марионетками в столкновениях между разными государствами. Новый хорезмшах Иль-Арслан, начавший править в 1156 году, пользовался фактической независимостью. Горное племя Гуридов в 1150 году вытеснило Газневидов из последних остатков их иранских владений, что сопровождалось шокирующими жестокостями. Город Газни был полностью уничтожен, а его жители убиты. С тех пор у Газневидов остались только территории на севере Индии. Гуридов тоже постигла незавидная судьба. Они попытались вмешаться в гражданскую войну в Хорезме, но в 1174 году были разбиты, а в 1204 году, отступая после очередного поражения, были почти полностью уничтожены каракитаями.
Теперь население западной части Персии вздохнуло свободно. Хорезмшах Такаш в 1193 году взял ситуацию под контроль. Его преемником в 1200 году стал сын Мухаммед II. Но только передышка, дарованная Ирану, оказалась короткой. В дополнение к гражданским войнам Мухаммед начал наступление на династию атабеков в Азербайджане, которые держали в руках бразды управления провинцией почти сто лет. В тот момент у власти был умный и деятельный принц Узбек. Тем временем дом Аббасидов после нескольких веков политической пустоты снова произвел отпрыска, имевшего некоторые способности к государственной деятельности. Это был халиф ан-Насир (1180–1225). Он ухитрился возвысить положение Центральной и Южной Месопотамии, после чего стал вмешиваться в дела территорий на западной границе Персии и потом в Азербайджане.
Последовавшие столкновения не имели важных военных последствий. Они интересны лишь потому, что обе стороны искали поддержку у шиитских элементов, укоренившихся в Персии, а также в других местах. В то время как государство хашашинов Аламута хотя и продолжало существовать, но утратило значение, шииты-двунадесятники стали самой сильной шиитской религиозной группировкой. Халиф мог использовать лишь непрямой подход, пытаясь заручиться поддержкой шиитов Месопотамии, где они с самого начала были многочисленными, особенно на юге. Он сделал попытку использовать в своих целях братство Футува (в буквальном переводе – Рыцарство), которое появилось в пограничных войсках и демонстрировало шиитские тенденции. Его члены практиковали тайные церемонии инициации и посвящения, проявляли взаимное гостеприимство и устраивали шумные собрания – все это напоминало процветавшее в последующие века братство свободных масонов. В начальной стадии они пропагандировали идеал благочестия, созданный по образу и подобию Али. Но эти общества не развились в настоящие военные ордены. В XIII и XIV веках они распространились в Малой Азии, где впоследствии слились с янычарами, суфийскими дервишскими орденами Бекташи и гильдиями. В то время как халиф мог лишь не напрямую использовать шиитское движение, у хорезмшаха имелся антихалиф семейства пророка, который появился в 1217 году и сделал первые шаги для военных расчетов с Багдадом.
На самом деле столкновения так и не произошло. Согласно поздним и едва ли точным повествованиям, находившийся в затруднительном положении халиф обратился к одному из племен, недавно прибывшему из Центральной Азии, таким образом пойдя по пути, который уже выбирали мусульманские правители до него, в первую очередь хорезмшахи против сельджуков. Однако на этот раз нападение конкретного центральноазиатского племени имело последствия, далеко превосходящие все достигнутые ранее. Судьба столкнула ислам с народом, влияние которого на эволюцию мусульманских земель оказалось фундаментальным. Речь идет о монголах.
Однако халифат снова получил передышку. Первый шаг центральноазиатских завоевателей затронул лишь вскользь Восточную и Северную Персию (1218–1222), после чего они отклонились мимо восточного края Кавказских гор к югу России. Смерть Чингисхана в 1227 году и последовавшая затем внутренняя реорганизация империи монголов обеспечила сорокалетнюю передышку для Ближнего Востока. Халифы, однако, думали о поисках союзников против надвигающейся угрозы не больше, чем русские князья думали о формировании оборонительной лиги после поражения их собственных и куманских (половецких) армий на Калке в 1223 году. Хорезмшах, главный оппонент халифов, был свергнут монгольским наступлением, а его сын Джалал ад-Дин Мангуберди после авантюрной, но не слишком примечательной карьеры в качестве партизанского лидера против монголов в 1231 году был убит курдом.