Салах ад-Дин не сделал ничего, чтобы обеспечить выживание своей империи. Перед смертью он разделил ее между сыновьями и братьями, что положило начало серии гражданских войн. Победителем из них в 1200 году вышел его брат аль-Малик аль-Адиль, став фактическим хозяином Египта, Палестины, большей части Сирии и Северной Месопотамии. Другие ветви семьи в Алеппо и на юге Аравии присягнули ему в верности. При таких обстоятельствах мусульманам повезло, что крестоносный дух в Европе к этому моменту иссяк и франки не стали использовать свои береговые крепости как базы для новых боевых действий. Они только решили атаковать расположенный в дельте египетский город Дамьетта, справедливо предполагая, что главная угроза для них теперь исходит из Египта. Их силы захватили, но не смогли удержать город. На самом деле до начала Нового времени никто не смог оккупировать Египет с моря (как это сделали британцы в 1882 году). Только годом позже (1221) мусульмане изгнали франков из этой базы на египетском побережье. В этом им в немалой степени сопутствовало везение, потому что аль-Малик аль-Адиль не извлек урок из предыдущего опыта и перед смертью в 1218 году тоже разделил свою империю между сыновьями. Результатом снова стала борьба, в процессе которой один из сыновей, аль-Малик аль-Камиль, обратился за помощью против враждебно настроенного брата к Фридриху II, германскому императору и королю Сицилии. Хотя этот брат умер раньше, чем Фридрих появился на сцене, правитель из Айюбидов уступил ему в 1229 году город Иерусалим вместе с Вифлеемом и Назаретом.
Смерть аль-Малик аль-Камиля в 1238 году стала началом полного распада империи Айюбидов. Как обычно, разные претенденты начали борьбу за трон, и вовсе не благодаря им Иерусалим в 1244 году вернулся к мусульманам, а франки были изгнаны в 1249 году, после того как снова захватили Дамьетту, на этот раз под командованием Людовика IX Французского. Эта братоубийственная война положила конец режиму Айюбидов, который, по общему мнению, принес экономическое и интеллектуальное процветание в Египет и Сирию. Также в это время суннитская вера укрепилась в долине Нила.
В 1250 году тюркские и тюркизированные кавказские войска, которые веками набирались – или «покупались», отсюда арабское слово «мамлюки», – захватили контроль над Египтом. Начался новый этап истории Нильской долины.
Деструктивные тенденции, как те, что мы видели в Нильской долине, стали заметными и на других исламских территориях; затяжные гражданские войны, которые они вызывали, катастрофически ослабляли военную мощь мусульманского мира. Характерный пример – Малая Азия. Когда в начале XII века единая сельджукская империя распалась, одна ветвь семьи стала независимой династией в Анатолии с титулом Султаны Рума. После неудачи попытки вторжения в Южную Армению и горные территории Северной Месопотамии их территория состояла из центральной части Анатолийского плато, где находилась их резиденция, город Конья (Икониум). Череда правителей, в первую очередь Кылыч-Арслан I и II (1092–1106/07 и 1156–1192 соответственно), накопили значительную мощь и также много сделали для ускорения культурного прогресса. Они начали систематически рассеивать по территории тюркских кочевников, которые переходили к оседлому образу жизни, активно продвигать ислам и тюркский образ жизни. Результат был очевиден, хотя известны лишь немногие подробности процесса: большая часть населения отвратилась от христианства, а потом и от греческого языка.