В следующем, 1654 году на Амур приехал дворянин Дмитрий Иванович Зиновьев с подкреплением, царским жалованьем и золотыми, которые были розданы в награду Хабарову и его товарищам в количестве 320 человек. Собрав ясачную соболиную казну, он воротился в Москву, куда взял с собой и Хабарова. Последний получил от царя звание сына боярского и назначен приказчиком Усть-Кутского острога на Лене. На Амуре после него начальствовал приказный человек Онуфрий Степанов. В Москве намеревались было отправить сюда по крайней мере трехтысячное войско. Но в это время началась война с поляками за Малороссию, и означенная отправка не состоялась. Предоставленный своим небольшим силам, Степанов совершал походы вниз и вверх по Амуру, собирал дани с дауров и дючеров и мужественно отбивался от приходивших им на помощь маньчжурских войск. Особенно сильные бои пришлось ему выдержать в марте 1655 года в новопоставленном Комарском остроге (пониже Албазина), к которому приступало богдойское или маньчжурское войско с пушками и пищалями, правильно разделенное на отряды с их разноцветными знаменами. Число этого войска вместе с полчищами восставших туземцев простиралось до 10 000; предводительствовал им князец Тогудай. Не ограничиваясь пальбой из пушек, неприятели бросали в острог стрелы с «огненными зарядами» и подвезли к острогу арбы с деревянными щитами, обитыми кожей и войлоком, нагруженные смолой и соломой, чтобы зажечь наружный частокол; кроме того, у них «были багры железные и всякие приступные мудрости» (по донесению Степанова). Три недели продолжалась осада острога, сопровождавшаяся частыми, особенно ночными, приступами. Укрепляясь постом и молитвой, русские мужественно оборонялись и делали удачные вылазки. Острог был хорошо укреплен высоким валом с деревянными стенами и широким рвом, вокруг которого шел еще частокол с какими-то потайными железными прутьями. Неприятели во время приступа натыкались на прутья и не могли подойти близко к стенам, чтобы их зажечь; а в это время били по ним пушками из нижних и верхних амбразур, устроенных в стене. Потеряв множество людей, богдойское войско не выдержало и отступило, пометав в воду часть своих огненных зарядов; но все еще значительное количество их, а также пороху и ядер осталось в добычу русским; на огненных зарядах оказались какие-то подписи; а ядра весили в полтора фунта и более. Донося в Якутск воеводе Лодыженскому о своих действиях, Степанов просил о присылке пороху, свинцу, подкреплений и хлебных запасов. Но просьбы его мало исполнялись; а между тем упорная война с маньчжурами продолжалась; туземцы, то есть дауры, дючеры и гиляки, отказывали в ясаке и нередко восставали, при случае захватывали и избивали небольшие партии русских служилых людей. Степанов посылал к ним значительные отряды или ходил сам. Русские обыкновенно старались захватить в аманаты кого-либо из знатных или начальных людей; тогда туземцы, чтобы его выручить, привозили ясак.
Летом 1658 года Онуфрий Степанов, выступив из Албазина на 12 дощаниках с отрядом около 500 человек, плавал по Амуру и собирал ясак и съестные припасы. Ниже устья Шингала, в земле дючеров, он неожиданно встретил сильное богдойское войско; оно представляло флотилию почти в 50 судов, снабженных «большим огненным нарядом», то есть многими пушками и пищалями. В происшедшем бою эта артиллерия дала неприятелю перевес и произвела большое опустошение среди русского отряда. Степанов пал с 270 товарищами; из оставшихся 227 человек одни спаслись бегством на судах, другие бросились на берег и ушли в горы. Часть богдойского войска двинулась вверх по Амуру на русские поселения. Наше владычество на среднем и нижнем Амуре почти утратилось; самый Албазин был покинут. Но на верхнем Амуре или на Шилке оно продолжалось благодаря крепким острогам, из которых выходили партии служилых людей для обычного сбора дани. В это время там действовал енисейский воевода Афанасий Пашков, который основанием Нерчинска упрочил русское владычество в Западной Даурии. В 1662 году Панкова сменил в Нерчинске тобольский сын боярский Иларион Толбузин.
Вскоре потом русские вновь утвердились на Среднем Амуре, и по следующему поводу.