Таким образом, калмыки, поселившиеся по сю сторону Яика, хотя и не могли, конечно, совершенно отстать от своих хищных, грабительских привычек, однако признали себя подданными московского царя и поступили, так сказать, на его службу. Другое дело было с калмыками, оставшимися по ту сторону Яика, то есть в степях Западной Сибири. Там московское господство поддерживалось немногочисленными русскими колониями, разбросанными на огромном пространстве и терявшимися посреди инородческих племен, подобно оазисам в необозримой пустыне. Подчинение одной царской воле и государственный порядок, затем культурное и расовое превосходство и, наконец, огненный бой – вот чем обусловилось это господство над разноплеменными, разрозненными, полудикими туземцами. Если и бывали с их стороны мятежные попытки и отказы платить ясак, то они довольно легко и скоро усмирялись небольшими отрядами служилых людей при помощи огнестрельного оружия. Прибытие калмыцких орд в сибирские пределы в значительной степени изменило положение дел и дало сильный толчок к новым и более опасным движениям инородческих племен. Уже в последнюю эпоху Михайлова царствования сибирские воеводы должны были напрягать имевшиеся под рукой силы, чтобы оборонить некоторые города и уезды (Тюменский, Тарский, Кузнецкий, Красноярский) от нападений хищных калмыков и соединявшихся с ними туземцев, каковы киргизы, саянские татары, телеуты и прочие. Соединенными усилиями западносибирских воевод удалось, однако, отразить этот первый калмыцкий напор. При Алексее Михайловиче калмыцко-инородческое движение возобновилось и распространилось далеко на север. Кроме калмыков, этому движению способствовали и другие сопредельные монголы.
Среди южных отрогов Саянского хребта между истоками Енисея и озером Упса находились кочевья монгольского владетеля так называемого Алтын-хана. Этот хан при Михаиле Федоровиче признал себя подручником, или вассалом, московского царя и получил от него жалованье, то есть дорогие подарки. Но, конечно, такое подчинение было чисто номинальное. Пользуясь трудными для русских обстоятельствами, Алтын-хан в 1652 году сделал вторжение в Красноярский уезд, повоевал обитавших там киргизов и тубинцев и потребовал, чтобы они платили ясак ему, то есть хану, а не русскому царю. У красноярского воеводы имелось всего 350 воинских служилых людей, которым трудно было стоять против пятитысячного монгольского полчища. Только пущенный воеводой слух о приходе к нему на помощь ратных людей из других городов заставил Алтын-хана удалиться. Но спустя лет пять сын и преемник этого Алтын-хана снова повоевал наших ясачных киргизов и татар в Томском уезде и заставил их признать себя его данниками.