Особенно сильно отразился приход калмыков на иртышских и тобольских татарах. Он оживил их воспоминания о бывшем своем царстве; некоторые татарские улусы соединились вокруг внуков Кучума и под начальством сих царевичей произвели разные мятежные попытки. Так, в 1681 году они напали на монастырь, основанный старцем Далматом на реке Исети (впадающей в Тобол), и сожгли его. В 1659–1660 годах вместе с калмыками они повоевали русские волости в Барабинской степи. По примеру татар стали бунтовать и грабить русские поселения башкиры, даже вогулы и инородцы, обитавшие на запад от Уральского хребта, то есть самоеды, мордва, черемисы, чуваши. В 1662 году мятежники взяли и сожгли Кунгур, а в 1663 году самоеды сожгли Пустозерский острог и перебили там служилых людей. В 1664 году башкиры напали на Невьянский острог и пожгли соседние деревни и монастырь. Остяки волновались и также готовились к бунту; но он не состоялся благодаря энергическим действиям русских воевод. В 1667 году калмыцкий тайша Сенга и киргизский князец Ереняк соединенными силами, хотя и тщетно, осаждали Красноярск. Томск и Енисейск также были угрожаемы, ибо ясачные тубинцы, телеуты, алаторцы бунтовали и помогали калмыкам. Однако благодаря дроблению инородцев и русской стойкости все эти восстания окончились усмирением и торжеством государственного порядка. Наиболее крупные калмыцкие тайши стали склоняться к мирным сношениям, к торговому обмену с русскими и охотно вступали в переговоры о своем подчинении московскому государю и получении от него щедрого жалованья. Такие переговоры иногда нарушались грубыми нравами и вероломством кочевников. Например, в 1673 году, то есть одновременно с подчинением московскому государю Аюкая и его родичей, Дундук, наиболее значительный тайша по ту сторону Яика, кочевавший между реками Ишимом и Вагаем и находившийся во вражде с некоторыми другими тайшами и контайшами, бил челом о принятии его под высокую царскую руку. Из Тобольска отправлен был к нему стрелецкий голова Иван Аршинский с подьячим при конвое служилых людей, чтобы вручить тайше государево жалованье (красное сукно, атлас, юфть, меха, водка, мед, табак) и взять у него аманатов из числа его родственников и зайсанов (знатных людей). Дундук принял подарки, честил посланцев, поил их кумысом; а спустя несколько дней вдруг велел их схватить, связать, ограбить почти донага и отнять у них коней. Причиной тому, между прочим, было его неудовольствие на плохой якобы прием в Москве его посла и на то, что его сына будто бы хотят там окрестить и выучить грамоте. Все это был наговор ему какого-то татарина. Снявшись после того с кочевья, Дундук со своей ордой направился на другой берег Ишима и только тогда отпустил Аршинского с товарищами, дав им всего полпуда круп на 30 человек. Немало дней брели они то пешие, то на лодках, пока добрались до Тобольска. Взаимная вражда и междоусобия тайшей (главным образом, вероятно, из-за кочевьев) и обиды, причинявшиеся сильными более слабым родам, сделали то, что часть калмыцких орд около того времени откочевала обратно на восток в монгольские и китайские пределы; другая часть ушла в Казачью орду, то есть к киргизам.
Итак, калмыцкий народ, раздробись и рассеявшись на огромных пространствах, утратил свою силу и прежнюю опасность для соседей; а оставшиеся в Сибири калмыки все более и более входили в мирные и подчиненные отношения к Москве. Русские товары они выменивали по преимуществу на рогатый и вьючный скот, а также на рабов и рабынь. Бедность, голодные годы заставляли их продавать в рабство собственных детей и родственников. Один современник по сему поводу сообщает следующее: «Если проданный в рабство начинал горевать, то ему говорили: „Ступай, бедняга, и не грусти; тебе будет там лучше – не будешь так голодать, как голодал у нас". Поэтому в Сибири нет ни одного человека хотя бы с малыми средствами, который не имел бы одного или более рабов или рабынь из калмыков». По замечанию этого же современника, калмыцкие тайши любили отправлять послов к москвитянам, под предлогом осведомления о здравии великого государя и готовности своей к его службе, куда бы он ни приказал идти, а в действительности, конечно, ради подарков и угощения. В Тобольске такому послу отводилось помещение в подгорной слободе, и для переговоров с ним назначался подьячий. Ему ежедневно доставлялись съестные припасы в изобилии, и посол заживался здесь по целым годам. При отпуске ему дарили два-три куска обыкновенного сукна, а для тайши сукно получше. Иногда по требованию посла сколько-нибудь значительного его отправляли в Москву, откуда он возвращался с более ценными подарками.