Голицын, конечно сам поощрявший сей тайный донос, немедля отправил его в Москву. Когда войско стояло на берегах реки Орели, из Москвы приехал доверенный Софьи и Голицына Федор Шакловитый. Он привез воеводам похвальное царское слово и утешительную грамоту от патриарха; а Самойловича вдруг дерзко спросил: зачем тот велел жечь траву в степи? Озадаченный сим вопросом, гетман отвечал только, что ничего подобного он не приказывал. Когда же войско перешло реку Коломак и остановилось недалеко от Полтавы, из Москвы прискакал гонец с ответом на донос: главнокомандующему именем великих государей повелевалось отрешить гетмана и отослать его с семьей в московские города, а на его место избрать другого вольными голосами. Самойлович и сын его Яков арестованы были с разными предосторожностями.
Никто не вступился за нелюбимого гетмана; напротив, в казацком таборе начались было своеволие и беспорядки, которые Голицыну пришлось усмирять великороссийскими полками. Некоторое замешательство произошло при аресте другого гетманского сына, Григория, который в качестве наказного гетмана пошел вместе с Неплюевым в Запорожскую Сечь и дошел до Кодака. Его казаки также произвели беспорядки и мятеж против старшины и гетмана и, между прочим, умертвили прилуцкого полковника Лазаря Горленка. Наемные сердюки решились было защищать Григория и окопались вокруг его палатки. Однако Неплюеву удалось уладить дело одними переговорами; Григорий сдался ему и был отправлен в стан князя Голицына. Сей последний вполне показал свое пристрастие тем, что осудил Самойловичей без всякого розыска или расследования, а основался на одном доносе. По царскому указу сам Самойлович был сослан в Тобольск, а сын его Яков в Енисейск; жена с дочерьми поселена в Черниговском краю, где жила в большой бедности. Черниговского полковника Григория Самойловича известный донос обвинил в измене, ссылаясь, между прочим, на то, что он не дозволил черниговскому войту выставить над ратушей изображение московского герба, то есть двуглавого орла. Главное же, помянутую попытку сердюков Неплюев истолковал в смысле сопротивления московскому воеводе, а не обороны против мятежных казаков. Григория подвергли допросу с пыткой, а затем в Севске отрубили ему голову. Полагают, что Неплюев, захвативший в Кодаке наличное имущество Григория, хлопотал об этой казни, чтобы спрятать концы в воду. Все накопленное гетманом богатство, состоявшее из большого количества монеты (червонцев, талеров, левков и пр.), серебряной посуды, золотых и серебряных украшений, дорогого платья, сбруи, экипажей, коней и так далее, было описано и конфисковано. Казацкая старшина просила отдать его на войско; в Москве решили отдать в войсковой скарб половину, именно на жалованье компанейским и сердюцким полкам; а другую половину взяли в царскую казну на жалованье ратным людям.
Так жертвой интриги, с одной стороны, пристрастия и неправосудия – с другой, погиб Иван Самойлович. Из целого ряда гетманов после Богдана Хмельницкого до Мазепы включительно это был единственный, безусловно недоступный польским интригам, горячо преданный православию и далекий от измены Московскому государству. Но именно эти качества не были оценены современным московским правительством (т. е. Софьей и Голицыным). А его властолюбие и корыстолюбие являются слишком общими чертами казацкой старшины того времени, чтобы ими оправдывать свержение и ссылку Самойловича.
Между тем ввиду произведенных сим свержением волнения умов и казацких беспорядков, грозивших принять большие размеры, Голицын поспешил избранием нового гетмана. Он назначил выборы на 25 июня там же, то есть в обозе на берегах Коломака. Накануне в его ставку явилась казацкая старшина, чтобы условиться о статьях, на которых должен будет присягнуть новый гетман. В основу взяли прежние статьи, переяславские и глуховские; их только слегка изменили и дополнили. Войсковые права и вольности вообще подтверждены; число реестрового войска определено в 30 000; жалованье ему положено производить из малороссийских доходов; в Киеве, Чернигове, Переяславе, Нежине и Остре стоять московским ратным людям для обороны от неприятелей; в Батурине, резиденции гетмана, быть для его охраны стрелецкому полку; беглых из Великой России на Украине отнюдь не принимать, а из Украйны не ввозить в Московское государство вино и табак, но малороссийским переселенцам сюда не препятствовать, а также способствовать сближению обеих русских народностей, в особенности взаимными браками и прочее.
На том же совещании был предрешен и гетманский выбор; ибо Голицын прямо указал на Мазепу. Нет никакого сомнения, что сей последний вкрался в расположение и доверенность временщика, действуя не только лестью и угодничеством, но и прямо подкупил деньгами и вещами, которые частью выдал, частью обещал и о которых впоследствии (после падения Голицына) даже не считал нужным хранить молчание. Посредником в передаче сего подкупа служил корыстолюбивый окольничий и севский воевода Леонтий Неплюев, немало получивший и на свою долю.