В конце XV – начале XVI века в связи с усилением католиков в Литве происходит эмиграция части русской православной знати из Литовской Руси в Московию, что способствовало захватам Москвой литовско-русских земель. В 1514 году после долгой войны Москва захватила у Литовской Руси Смоленск, а также Вязьму, Чернигов, Гомель, Брянск, Путивль. Василий III также лишил земель и городов князей верхнеокских княжеств, немного ранее добровольно присоединившихся со своими территориями к Московии. Многие из них теперь горько пожалели о том, что изменили Литовской Руси, польстившись на московские посулы, но было поздно! При Василии III главными врагами Московии остаются Литва и Крым (бывший до того полвека стратегическим союзником Московской Руси против Вильно и Сарая), с которым идёт борьба за влияние в Поволжье и, в частности, в Казани. Решается вопрос о том, кому – Бахчисараю или Москве – быть главным преемником и наследником Золотой Орды. По повелению Василия III на дальних южных рубежах Московской Руси строятся крепости, призванные защитить столицу от набегов крымцев и казанцев: Калуга, Тула и Зарайск.
В отношении церкви, своих братьев и бояр Василий III вёл себя, как настоящий необузданный деспот. Своих противников он безжалостно казнил или постригал в монахи. Обычным делом стали «опалы» – удаление того или иного князя или боярина от двора с конфискацией его имущества в пользу великого князя. Церковь уже почти не рисковала пользоваться своим древним правом «печалования» за опальных или осуждения неправедных поступков кровожадного государя.
Когда Василий III, страстно желая произвести на свет наследника, развёлся со своей женой Соломонией Сабуровой, с которой до того прожил в счастливом браке двадцать лет (обвинив её в бездетности), принципиальные священники нестяжатели: Вассиан Патрикеев и Максим Грек выступили с осуждением государя, грубо поправшего церковные каноны. Нестяжатели были немедленно разгромлены, многие бояре казнены – государь показывал свои крутой нрав. Теперь уже никто и ни в чём не должен был перечить ему. Его братья, которым он, сам дважды женатый, воспретил жениться, робко сидели на своих последних уделах, ожидая репрессий. Всякая возможность диалога между государем и боярами окончательно исчезла. По словам боярина Берсеня Беклемишева, неосторожно сказанным в частной беседе с Максимом Греком, ныне «государь, запершись сам третий у постели, всякие дела делает» (то есть решает всё с парой приближённых), не желая более советоваться с боярами и не терпя возражений. За такие речи против государя Беклемишеву отрубили голову. Назревали новые конфликты между недовольными боярами и великим князем (опиравшимся на иосифлянскую церковь и дворянство).
Когда Василий III в 1533 году умер, его вторая молодая жена, ставшая правительницей Московии, Елена Глинская (1533–1538) начала своё правление вполне традиционно: с ареста и убийства двух последних братьев своего мужа (князей Андрея Ивановича и Юрия Ивановича) и уничтожения их удельных княжеств. Жестокая логика борьбы за самодержавную власть неумолимо вела к самоистреблению членов московского княжеского рода (а затем – к его вырождению и угасанию). Правительство Елены Глинской провело денежную реформу, введя на Руси единую денежную систему и ликвидировав монетные дворы по чеканке денег в отдельных землях, захваченных Москвой, Главной денежной единицей Руси надолго стала копейка (на ней был изображен всадник с копьем), равная двум деньгам и четырём полушкам.
Итак, начатое Иваном Калитой в начале XIV века дело было в общем закончено двести лет спустя его прапраправну-ком и тёзкой Иваном III. Окончательно определился новый вектор русской истории. Москва полностью подчинила себе всю Северо-восточную Русь, освободилась из-под обломков рухнувшего татарского ига, осознала себя «Третьим Римом» и начала наступательное движение против Литовской Руси, претендуя на все русские земли. Успеха усиливающегося и централизующегося Московского государства были оплачены разрушением общества, разорением страны и порабощением населения. Вся история возвышения Москвы и создания Московского государства – это история последовательного насильственного разрушения существующих общественных структур и их замены государственным управлением «сверху вниз», история движения от древнерусских традиций общественной жизни – к ордынским (и, отчасти, византийским), история введения новых обычаев под видом восстановления «старины».
Независимое централизованное русское государство во главе с Москвой было создано. «Издержками» этого процесса и платой за него явилось формирование новой – деспотической политической системы, уничтожение общественных связей и институтов, порабощение личности государством (именно в конце XV века на Руси впервые появляется само слово и понятие «государство», от слов «государь, господин», и Москва становится «русским государством», «Залесская Орда» – «Третьим Римом»), уничтожение былых корпоративных, сословных и городских вольностей и прав.