Описывая Богдана Хмельницкого, Костомаров сам себе противоречит. В одном месте он отмечает: «Восставший народ требовал, чтобы он вёл его на Польшу. Но Хмельницкий на это не отважился. Он не был ни рождён, ни подготовлен к такому великому подвигу. Он был сын своего века, усвоил польские общественные привычки, и они-то в нём сказались в решительную минуту».
А в другом месте изрекает совсем другое: «Не его вина, что близорукая и невежественная политика боярская не поняла его, свела преждевременно в гроб, испортила плоды его десятилетней деятельности и на многие поколения отсрочило дело, которое совершилось бы с несравненно меньшими усилиями, если бы в Москве понимали смысл стремлений Хмельницкого и слушали его советы».
Так был Хмельницкий «подготовлен к великому подвигу» или нет? И какой такой «смысл стремлений» имелся в его голове? Если анализировать результат «невежественной и близорукой» боярской политики, когда Россия уже присоединит к себе всю левобережную, а потом и правобережную Украину, Литву и часть Польши, то окажется, что не такая уж она была близорукая?
В своей книге «Руина» Костомаров зачем-то долго и кропотливо описывает допрос гетмана Демьяна Многогрешного, а потом возмущается: «Нельзя не поражаться странным бесправием, господствующим тогда в московском правительстве…». Хотя оклеветала гетмана его же старшина, а возмутительные речи, сказанные гетманом в пьяном виде (которые Костомаров называет «правдивыми»), только добавили аргументов судьям. Кстати, в заключении «о судьбе несчастного Многогрешного» Николай Иванович всё же не скрывает, что он был помилован и «сослан в Сегелинск, где жил долго и даже содействовал (вместе с сыном) полномочному русскому послу Головину в усмирении табунутов и в разбитии мунгалов».
Пётр Дорошенко у Костомарова описан, как «замечательный человек»: «Несомненно, он был искренно предан и постоянно верен идее независимости и самобытности своей родины, но вместе с тем упорно и ревниво желал, чтобы этот идеал для неё был добыт им, а не кем-нибудь другим… Желая достигнуть самобытности, чего бы она ни стоила, Дорошенко не останавливался ни перед какими мерами, присутствовал в Каменце при поругании мусульманами христианских святынь, отдавал в турецкую и татарскую неволю толпы крещёного народа, и был жестоко наказан…». Создаётся впечатление, что Костомаров больше ценит намерения, чем дела своего героя.
В статье «О казачестве» Костомаров выступает против утверждений, что «душою казацкого общества всегда была анархия», и на «попытки к обузданию казацкой воли надобно смотреть как на защиту государства против вторжения диких, разрушительных побуждений». В этом сходились историки Польши и России, т. е. стран, где на своей шкуре испытали разбойничью казацкую вольницу. Костомаров, наоборот, считает, что «казачество при всех временных уклонениях было последствием идей чисто демократических».
В январе 1882 году появляется его статья «Задачи украинофильства». В ней Костомаров вполне здраво констатирует, что высший слой общества отрывается от народа, утрачивая с ним связь, и даже начинает стыдиться его языка. Так было и с великороссами, которые в начале XIX века «не только говорили, но и думали по-французски». Так было и с малороссами, предпочитавшими польский, когда они находились в Речи Посполитой, а перейдя в Россию, с такой же лёгкостью перешли на русский. А украинский язык так и остался деревенским и архаичным. Очень верно Костомаров набросал «трансформацию» казацкой старшины, заменившей после изгнания и истребления украинского шляхетства высший класс общества. Как эта самая казацкая элита приобретала собственность и загоняла мужиков, т. е. «обезземеленное поспольство», в крепостную зависимость. «Оно стало оставлять свой язык и заимствовало язык великорусский. И поступало так же, как некогда поступали его предшественники, земяне и шляхтичи, променявшие свою южнорусскую национальность на польскую с той только разницей, что, что те, усваивая польский язык, отрекались не только от своей народности, но и от своей прежней религии». Но «всего возмутительнее кажется нам, что малороссийские дворяне воспитывали в себе то пренебрежение к малороссийскому народу, которое высказывалось в таких выражениях: хохол мужик, хохол дурак! Какой грубый, дурацкий у него язык!»
Но при этом Николай Иванович высказывает рациональную мысль: «Взывать к ним (к малороссийским дворянам) и побуждать их возвратиться снова к народности своих предков, было бы неуместно. Это приводило бы к такому же возбуждению донкихотства, к какому возбуждают великорусских дворян московские славянофилы, указывая им на идеалы жизни Московского государства XVI и XVII века. Мы ограничимся только желанием, чтобы они не показывали вражды к малорусской литературной деятельности. Наша малорусская литература есть исключительно мужицкая, так как и народа малорусского, кроме мужиков, не осталось. А потому эта литература должна касаться мужицкого круга».