Наметившийся еще в VIII–IX вв. процесс обмирщения католической церкви, ее отход от аскетических идеалов раннего христианства порождали идеи реформирования и обновления церковной жизни. В Х в. они стали особенно заметны в среде монашества, которое стремилось к независимости как от светской власти, так и от влияния епископства и мечтавшего о сильной, централизованной католической церкви во главе с папой, что способствовало бы возрождению ее морального престижа в обществе. Движение за реформу возглавил бенедиктинский монастырь Клюни в Бургундии, основанный в 910 г. Клюнийцы начали с реформирования монастырской жизни, добивались строгого соблюдения устава св. Бенедикта, который они дополнили новыми статьями, но свою главную задачу видели в постоянных молитвах за мирян перед Богом. Аббатам клюнийского монастыря к концу Х в. удалось подчинить своему влиянию многие монастыри Западной Европы, включая Италию, и создать своеобразное монашеское государство, независимое от светской власти и епископов. В нем царила строгая дисциплина и прилагались немалые усилия для пресечения тенденций к обмирщению монашеской жизни, в частности, требовалось неукоснительно соблюдать целибат (безбрачие духовенства). Клюнийцы в существовавших при монастырях школах готовили служителей церкви, воспитывая их в духе движения за ее обновление и нравственное очищение.
Стремление к реформам монашеской жизни и церкви зрело и в среде светской власти. Так, император Генрих III предпринял попытку реформировать церковь «сверху», начав с ограничения влияния знатных фамилий Рима на избрание пап. В 1046 г. он низложил трех пап, возведенных на трон различными группировками римских нобилей и духовенства, и посадил на него своего ставленника из числа немецких епископов, разделявших идеи реформы церкви. Более десяти лет «немецкие папы» проводили реформирование церковной жизни, опираясь на поддержку императора: последовательно внедрялся принцип целибата; поскольку у епископов не могло быть наследников, то земли и другое имущество, приобретенные ими в результате дарений или покупки, должны были оставаться в собственности церкви, что упрочивало ее имущественное положение. Повысилась роль папства в церковной жизни, более тесными стали контакты пап с епископами и монастырями. В понтификат папы Льва IХ (1049–1054) была реорганизована папская канцелярия – в нее вошли советники, составившие коллегию кардиналов, которая получила важную функцию быть опорой пап в дальнейшем реформировании церкви. В среде клира возникали и радикальные идеи, связанные со стремлением возвысить церковь над светскими властями, лишить их права назначать епископов и полностью подчинить влиянию церкви. В середине ХI в. позиции папства значительно усилились, и это позволило продолжить политику реформ во второй половине столетия и одержать ряд серьезных побед в борьбе за верховенство над светскими властями. Самым знаковым историческим событием этого столетия стал, однако, церковный раскол.
В 1054 г. завершился давно назревавший процесс разделения христианской церкви на римско-католическую и православную. Сказалось длительное соперничество римских пап с константинопольскими патриархами за верховенство в христианском мире, а также все более усугублявшиеся различия в понимании и истолковании вероучения. Споры велись как по поводу формулы filioque (лат. «и от Сына»), которая была утверждена папской буллой в начале ХI в., – она означала, что Святой Дух исходит не только от Бога-Отца, но и от Сына, так и по поводу таинства евхаристии, учения о пресуществлении. Восточные толкователи этого таинства утверждали, что во время причащения хлебом и вином тело и кровь Спасителя присутствуют лишь духовно, на Западе же считали, что во время таинства происходит подлинное превращение хлеба и вина в тело и кровь Христа. В XII в. к этим расхождениям добавились различия в представлениях о загробном мире. Православие считало потусторонний мир состоящим из двух частей – Рая и Ада, а католические теологи настаивали на догмате о Чистилище как третьей части загробного мира, где душа проходит очищающие испытания перед тем как оказаться в Раю. Католическая церковь подчеркивала свое значение утверждением, что ее молитвы помогают душам усопших избавиться от страданий в Чистилище. Раскол христианской церкви долгое время не считался окончательным, это подтверждалось и униями между католической и православной церквями, которые заключались в 1274 г. на втором Лионском и в 1439 г. на Ферраро-Флорентийском соборах. Однако позже православная церковь решительно отвергла идею воссоединения христианских церквей. Одной из причин была необходимость при объединении признать папу главой всего христианского мира.