Наиболее рельефно такая противоположность проявилась между упомянутым движением и католической церковью. Как уже говорилось, в НГХ католическая иерархия во главе с загребским архиепископом Алойзие Степинацем расценила режим, установленный усташами под патронатом нацистской Германии и фашистской Италии, как хорватское национальное государство, солидаризировалась с ним и встала на путь его поддержки. От подобной позиции католическая церковь в Хорватии и в Боснии и Герцеговине не считала возможным отказаться даже при возникшем затем несогласии Степинаца и некоторой части его окружения с самыми варварско-преступными чертами усташской политики, не говоря уже о тех активных усташских сторонниках из рядов католического духовенства, которые прямо принимали участие в проведении такой политики. Естественно, для КПЮ и шедших за нею это выглядело как проусташская позиция. Тем более что к движению, руководимому КПЮ, присоеднение католических священников было буквально единичным и происходило вопреки церковным иерархам. Даже в конце марта 1945 г., когда уже стали более чем очевидными быстро приближавшиеся общее поражение Германии, и в частности ее поражение на югославской территории, а вместе с этим победа новой Югославии, в публичном обращении, выпущенном от имени католического епископата в Хорватии и в Боснии и Герцеговине, НГХ продолжало трактоваться как хорватское национальное государство. А основной пафос обращения был направлен на обличение действий новой Югославии и руководивших ею коммунистов108
. И в начале мая 1945 г., в последние дни перед окончательным крахом усташского режима, Степинац, если верить некоторым данным, все еще выступал участником несбыточных планов по спасению НГХ, неоправданно рассчитанных на содействие западных союзников109.В Словении, главным образом в Люблянской провинции, католическая иерархия во главе с люблянским архиепископом Грегорием Рожманом во время оккупации тесно сотрудничала как с итальянскими, а затем, хотя и несколько меньше, с германскими властями, так и с коллаборационистскими административными и военными структурами. Это обосновывалось стремлением облегчить положение народа в обстановке оккупации и не допустить победы ОФ, руководимого коммунистами, борьбу с которыми церковная иерархия всемерно поддерживала. Число священников, сотрудничавших в ОФ и перешедших к партизанам, было здесь больше, чем в НГХ, и в ряде случаев им даже давалось разрешение Рожмана. Но фактически эта часть духовенства разошлась с церковным руководством110
.Мусульманские церковные структуры также в основном заняли позицию сотрудничества с оккупантами и прооккупациоными администрациями. В Косово и Метохии это было обусловлено главным образом тем, что присоединение края к квислинговскому режиму Албании расценивалось местным албанским населением как возвращение в национальное лоно. А в Боснии и Герцеговине, где жила основная масса югославских мусульман, исламская религиозная верхушка приветствовала создание НГХ, элита которого включала и мусульманских деятелей и провозглашала мусульман хорватами исламской веры111
. Поддержка НГХ исламской церковной иерархией продолжалась и дальше. Вместе с тем некоторые группы мусульманских деятелей, включая и представителей религиозных кругов, стали затем стремиться к определенному дистанцированию от усташских акций геноцида в отношении сербов. Но при этом предпринимались усилия, направленные то на создание с немецкой либо итальянской помощью особых, не подчиненных НГХ, мусульманских воинских формирований, которые бы обеспечивали безопасность мусульманского населения, то вообще на получение Боснией и Герцеговиной – или ее частью с преимущественно мусульманским населением – автономного статуса под эгидой Германии. Сторонники автономии пытались склонить к этому гитлеровские власти, однако, безрезультатно112. Позже, когда заметная часть мусульман стала присоединяться к движению, руководимому КПЮ, в его рядах оказалось некоторое число исламских священнослужителей.Наиболее многочисленное в Югославии православное население в большинстве принадлежало к Сербской православной церкви (СПЦ). Основная часть ее иерархов занимала негативную позицию в отношении оккупации и раздела Югославии гитлеровской Германией и ее союзниками. Патриарх Таврило Дожич был заточен германскими властями в одном из монастырей в Сербии, откуда при немецком отступлении в 1944 г. был увезен в концлагерь Дахау. Но в период оккупации церковная иерархия и духовенство в определенной мере сотрудничали с режимом Недича в Сербии, с коллаборационистскими структурами в Черногории, а преимущественно поддерживали четников Михайловича. В преобладающей своей части СПЦ относилась более чем настороженно либо просто враждебно к движению, которое возглавляла КПЮ, хотя в нем участвовало значительно больше православных священнослужителей, чем духовных лиц других конфессий.