С освобождением Сербии от оккупации верхи СПЦ были против порядка, устанавливавшегося новой властью, занимали промонархическую позицию и были готовы к борьбе в защиту сербских национальных интересов, угроза которым, по мнению церковной иерархии, исходила от коммунистического режима113
. Патриарх Таврило, освобожденный из Дахау, не был склонен возвращаться в Югославию и до ноября 1946 г. оставался на Западе, будучи в непосредственном контакте с королем Петром II и сербскими эмигрантскими политиками114.С установлением коммунистической власти обвинения в коллаборационизме стали ею довольно широко использоваться как основание для разного рода репрессий, вплоть до самых жестоких, в отношении служителей тех или иных конфессий. Как и вообще по поводу репрессий в Югославии тех лет, в историографии существуют весьма неодинаковые, даже противоположные, мнения о том, в какой степени репрессивные меры, захватывавшие церковную среду, являлись карой за коллаборационизм, а в какой – инструментом политико-идеологического наступления на церковь и религию. В постюгославской историографии распространены взгляды, что, во всяком случае, нередко политико-идеологические соображения играли преобладающую роль в принятии конкретных решений.
Наиболее острые коллизии возникли в связи с католической церковью, особенно в Хорватии и на всей территории бывшего НГХ. Здесь значительные репрессии коснулись не только духовенства низшего и среднего звена, но и высших иерархов вплоть до архиепископа Степинаца. Уже 17 мая 1945 г., на десятый день занятия Загреба войсками ЮА, архиепископ был «втихую» арестован и оказался под следствием115
. В этих условиях Тито, приехавший в Загреб, на встрече 2 июня с остававшимися на свободе представителями католического руководства, по сути, добивался, чтобы католическая церковь в Хорватии заняла позицию лояльности и даже поддержки установленной власти и сообразовывала свою линию поведения в большей мере с политикой новой Югославии, нежели с Ватиканом. О том же шла речь во время состоявшейся через день беседы Тито со срочно выпущенным накануне из-под ареста Степинацем. Но последний, выражая желание определенного умиротворения и сосуществования с властью, твердо стоял, однако на позиции, что регулирование отношений католической церкви с государством должно стать предметом специального соглашения Югославии с Ватиканом116. Это было в корне противоположно тому, чего хотел Тито.В итоге репрессивные меры режима в отношении католического духовенства, основывавшиеся на обвинениях в коллаборационизме и преступлениях периода войны, продолжались. А церковная иерархия во главе со Степинацем, со своей стороны, протестовала не только против репрессий, касавшихся священнослужителей, верующих и вообще населения, но и против таких проводившихся властями преобразований светско-гражданского характера, как отделение церкви от государства и школы от церкви. Не говоря уже о протесте против того, что принятым Временной народной скупщиной в августе 1945 г. Законом об аграрной реформе и колонизации, помимо прочего, экспроприировались земельные угодья всех, и в том числе католических, церквей, монастырей, религиозных обществ.
Все эти весьма разнородные по своему реальному общественному содержанию протесты были слиты воедино в так называемом «пастырском письме» к верующим, которое католический епископат принял 20 сентября 1945 г. и которое получило широкое распространение и публичный резонанс. В «пастырском письме» решительно осуждался «безбожный материализм» как основа действий власти и ему в качестве единственно справедливого противопоставлялся порядок, основанный на принципах христианства117
. Ставя проблему подобным образом и одновременно требуя вернуть прежнее религиозное образование в школе и церковный брак как официальный, католический епископат в качестве противовеса установлению коммунистической монополии выдвигал, в сущности, собственную, клерикальную, претензию на сохранение своего рода монополии или, по крайней мере, преобладания религии и церкви в некоторых важных сферах государственного и общественного устройства.Продолжавшееся противостояние католической иерархии и правящего режима привело в сентябре 1946 г. к новому аресту Степинаца и затем к проведению в сентябре – октябре судебного процесса, в котором загребскому архиепископу инкриминировалась не только позиция в годы войны, но прежде всего якобы активная связь с так называемыми крижарами – небольшими вооруженными группами противников власти, в значительной мере из остатков усташей, в течение некоторого послевоенного времени оперировавшими в отдельных местах Хорватии и Боснии и Герцеговины. В историографии существуют разные мнения об обоснованности этих обвинений, в том числе имеются современные исследования, свидетельствующие, что многое было сфабриковано и инсценировано органами госбезопасности118
.