Но неожиданно хорошо подготовленный план натолкнулся на сопротивление Сталина. "А вам не жаль отдавать в Центр такие хорошие украинские кадры? – спросил не без иронии Сталин, обращаясь к Хрущеву и Берии. Вслед за этим, уже более резким тоном он сказал, смотря только на Берию: "У Вас – узко ведомственный подход к этой чрезвычайно важной проблеме. Партизанское движение, партизанская борьба – это народное движение, народная борьба. И руководить этим движением, этой борьбой должна и будет партия. Сейчас то, что требуется, мы и исправим. И начальником Центрального штаба партизанского движения будет член ЦК ВКП(б)". "С этими словами, – рассказывал Пономаренко со слов Микояна, присутствовавшего на этом заседании ГКО – Сталин взял синий карандаш, обвел стоявшую последнюю в представленном списке мою фамилию и стрелочкой поставил на первое место".
По словам Пономаренко, "Хрущев и Берия, особенно Хрущев, были недовольны таким решением и моим назначением, сосчитав это "поражением Украины и НКВД"… Хрущев… расценил это как "унижение Украины или "белорусский подкоп" под нее и даже санкционировал тогда некоторые сумасбродные и рискованные противодействия". С одобрения Хрущева "одним из руководителей партизанского движения на Украине Алексеем Федоровым была подготовлена, растиражирована и разбросана в ряде оккупированных районах листовка, в которой говорилось примерно следующее: "Я, батька всей Украины Алексей Федоров провозглашаю себя главнокомандующим всеми партизанскими силами, требую, чтобы мне подчинялись и мои приказы беспрекословно выполняли все партизанские соединения и отряды"… и т.д., и т.п."
Подобное послание могло бы появиться во времена Гражданской войны от лица руководителя анархистских или "зеленых" формирований и Пономаренко сначала решил, что эта листовка является фашистской фальшивкой. Очевидно, что Хрущев и его союзники, прикрываясь спецификой партизанской войны, пытались взять реванш за провал своих попыток установить контроль над партизанским движением всей страны. Правда, как вспоминал Пономаренко, история с листовкой Федорова была замята, а иначе "не сносить "дорогому Никите Сергеевичу" головы, не говоря уже о Федорове".
Вероятно, что отказ Сталина поддержать предложение Берии и Хрущева не в последнюю очередь был связан с тем, что в это время еще не остыли страсти после поражения советских войск в ходе Барвенковской операции, за проведение которой отвечал и Хрущев. В тогдашних условиях, когда перевес в жилой силе и технике был у Германии и ее союзников, предпринимать наступательные операции было нежелательно. Поэтому начальник Генерального штаба Шапошников и Жуков предлагали летом 1942 года перейти к временной стратегической обороне. Сталин согласился с этим выводом, но все же решил провести ряд наступательных операций (в Крыму, под Ленинградом, Демянском, на смоленском и льговско-курском направлениях). По мнению Штеменко, проведение этих операции могли лишь привести к распылению сил в то время, когда их надо было накапливать.
Поэтому генштаб отрицательно отнесся к предложениям военного совета Юго-Западного направления (Тимошенко и Хрущев) от 22 марта, в которых говорилось: "Войска Юго-Западного направления в период весенне-летней кампании должны стремится к достижению основной стратегической цели – разгромить противостоящие силы противника и выйти на средний Днепр (Гомель, Киев, Черкассы) и далее на фронт Черкассы, Первомайск, Николев". Осуществление этого плана было сопряжено с большими трудностями. Штеменко обращал внимание на то, что советским войскам здесь противостояли 102 дивизии противника. Он указал также на то, что названные города представляли "тот рубеж, который советским войскам удалось достигнуть только осенью 1943 года".
Можно предположить, что Хрущев играл решающую роль в разработке этого плана. Интрига, которую сплел Хрущев вокруг организации центра партизанского движения, показывала, что он готов был подчинить стратегические цели ведения войны местническим интересам и своим амбициям. С помощью этой операции Хрущев рассчитывал вернуть республику, которой он руководил. Видимо, он исходил из того, что рискованная операция на Барвенсковском выступе могла сначала развиваться успешно и вследствие этого Ставка поможет наступавшим частям Красной Армии в их движении к Днепру. Для этого Хрущеву надо было заручиться поддержкой главнокомандующего главе Юго-Западным направлением С.К.Тимошенко.
Несмотря на то, что командующие фронтами и главнокомандующими направлениями были главными лицами, отвечавшими за разработку и проведение боевых операций, политические руководители, входившие в состав военных советов, нередко пытались подчинить своей воле военачальников. Так было, например, на Крымском фронте, где политический представитель Ставки Л.З.Мехлис полностью подавил волю командующего фронтом Д.Т.Козлова. Объясняя причины, почему Козлова сняли с занимаемой им должности, Сталин убедительно доказал ему, что тот боялся Мехлиса больше, чем немцев и фактически перестал управлять фронтом.