Филоновская концепция человека характеризуется дуализмом: духовное начало, связующее человека с Богом, и плотское, принадлежащее к материальному миру. Поэтому человек неизбежно стоит перед выбором между разумом и плотской жизнью. Этот выбор Филон Александрийский формулирует в терминах стоицизма как установление контроля разума над эмоциями; таким образом, этика стоиков становится интегральной частью мировоззрения Филона Александрийского. Достижение гармонии между человеческой душой и Богом Филон представляет и как восхождение души к Богу, и как снисхождение Бога в человеческую душу. Принципиальное тождество человеческого и Божественного духа, постулируемое философией стоицизма, принимает у Филона Александрийского форму мистического учения о единении души с Богом. Чтобы подготовить себя к единению с Богом, человек должен освободиться от земных уз, оставить «свою землю, своих сородичей и отчий дом», то есть забыть тело, чувства и человеческую речь. В отличие от идеала стоиков — мудрость как власть разума над чувствами, доставляющая безмятежность, — Филон Александрийский описывает единение с Богом как экзальтированный мистический опыт: в поисках большего, нежели рациональное познание Бога, душа преисполняется Божественным духом и пребывает в экстатическом блаженстве. Три патриарха символизируют три пути к достижению единения с Богом. Авраам проходит путь от знания (Агарь) к добродетели (Сарра), Исаак, будучи совершенен от природы, не нуждается в посредничестве промежуточной интеллектуальной цели, а Иаков вознагражден за свой аскетизм тем, что для него «Господь» (Справедливость) становится «Богом» (Милосердием). Здесь снова концепция посредничающих сил выходит на первый план. Душа не может достичь самого Бога, однако она может достичь одной из Его «сил», число которых у Филона Александрийского варьируется в разных трактатах. Настаивая на том, что единственное подобающее отношение мудреца к Богу — любовь, Филон Александрийский прибегает к платоновской концепции философской «эротики» и близок к «эротическим» учениям эллинистического мистицизма. Иногда Филон Александрийский говорит об этой любви как о Божьем даре, посредством которого совершенный мудрец приобщается к Его природе.
Для евреев обращение Филона Александрийского к греческой языческой философии было неприемлемо: в древних еврейских источниках, за исключением Иосифа Флавия, имя Филона Александрийского не упоминается, хотя в некоторых из них (в частности, в нескольких мидрашах) заметно влияние его идей. Лишь в XVI-м столетии прямой интерес к личности Филона Александрийского и его идеям проявляется в труде Азарии бен Моше деи Росси «Меор эйнаим» («Свет очей»).
Философия Филона Александрийского во многом влияла на становление философии неоплатонизма и, в особенности, христианства. Для христианских авторов творчество Филона Александрийского служило основополагающим образцом синтеза еврейской и греко-римской мысли, а его концепция Логоса легла в основу христианского учения об Иисусе как посреднике между Богом и человеком. Об авторитете, которым Филон Александрийский пользовался у христиан, свидетельствует легенда о его встрече со святыми апостолами Петром и Иоанном. Хотя вопрос о влиянии идей Филона Александрийского на Евангелие от Иоанна недостаточно изучен, послания апостола Павла, в первую очередь, его «Послание к евреям», обнаруживают стилистическое и идейное сходство с трудами Филона Александрийского. Особенно глубоко влияние Филона Александрийского на отцов церкви, в первую очередь, Климента Александрийского, Оригена и Амвросия Медиоланского, которые заимствовали многие его идеи и его аллегорический метод библейской экзегезы.