Кризис в красной зоне. Самая смертоносная вспышка Эболы и эпидемии будущего

4 июля 2014 года

Через день после смерти медсестры Люси Мей

За время, прошедшее с 1976 г. — первого появления Эболы, наши знания о вирусах и инфекционных заболеваниях заметно углубились. Сегодня о вирусах известно намного больше — о строении вирусных частиц, о том, как вирусы проникают в клетку, что они там делают, как они переходят от вида к виду, как они меняются со временем. Классификация вирусов стала более детальной и точной. Были открыты и названы шесть видов вируса Эбола. Вероятно, будут открыты и другие виды этого вируса — предсказать это невозможно.

Получившая мощное развитие геномика, наука, изучающая геномы и гены, принесла много откровений о функционировании живых организмов, в том числе человеческого, пролила свет на историю жизни на планете, приоткрыла некоторые секреты эволюции человека и истории человеческих популяций. Чрезвычайную эффективность показала высокоточная технология чтения геномов, получившая название «глубокое секвенирование». Глубокое секвенирование может использоваться для выявления и анализа геномов всех организмов, присутствующих в данном образце, — оно дает панорамный обзор всех форм жизни, которые существуют в каком-то участке природного мира. Например, можно подвергнуть глубокому секвенированию небольшое количество морской воды; таким образом будут выявлены генетические последовательности — ДНК и РНК — всех существ, в том числе и вирусов, присутствующих в этой капле. Глубокое секвенирование показало, что вирусы обитают повсюду.

В Институте Броуда Пардис Сабети и ее коллеги по оперативному штабу занимались глубоким секвенированием крови больных Эболой, чтобы установить точную последовательность букв геномов разновидностей вируса, реплицирующихся в клетках каждого из пациентов. Они пытались получить панорамный обзор всех вариаций вируса Эбола, заражавшего людей в Маконском треугольнике. Таким образом они надеялись как можно скорее узнать о западноафриканской Эболе все что возможно, чтобы выработать для органов здравоохранения рекомендации по мерам борьбы с эпидемией, а также выяснить, насколько существенно менялся вирус.

Пардис Сабети намеревалась опубликовать в интернете геномные последовательности всех разновидностей вируса Эбола, которые удастся обнаружить. Это помогло бы другим исследовательским группам изучать геномы вируса и, возможно, делать собственные открытия. «Во время вспышки Эболы, — объясняла Сабетти, — многие придерживают полученные сведения». То есть исследователи скрывают полученные данные и не делятся ими с другими учеными для ознакомления или использования. Общеизвестно, что исследователи Эболы строго блюдут секретность и не сообщают о своих открытиях до тех пор, пока статью не удастся поместить в престижном журнале и получить связанные с этой публикацией выгоды. Сабети считала, что подобная практика играет на руку вирусу. «Мы хотим сломать эту систему и призвать всех к совместной работе», — сказала она.

Вторая посылка с образцами крови из Кенемы прибыла в Гарвард 24 июня. В ней содержалось 84 пробирки со стерилизованной сывороткой крови, взятой у 66 человек с положительным результатом анализа на вирус Эбола. Все они жили в Маконском треугольнике или рядом с ним. Группа Сабети немедленно приступила к секвенированию образцов.

К 1 июля группа получила результаты глубокого секвенирования вирионов Эбола, размножавшихся в крови 78 больных. Это был своего рода кинофильм о вирусе Эбола из 78 кадров — достаточно для того, чтобы увидеть небольшую часть «роя» как четырехмерное изображение вируса, меняющегося во времени. Группа Сабети составила перечень всех мутаций вируса Эбола, обнаруженного у 78 больных. Этот перечень занял два листа бумаги. Ученые сделали копии листов и передали их в Институт Броуда.

КЕМБРИДЖ

1 июля

Сабети и ее коллеги целый день рассматривали эти распечатки. Проблема, с которой они столкнулись, была одновременно и проста, и очень сложна. Они видели мутации в геноме вируса Эбола и пытались понять, что же все это значит. Это было все равно что разглядывать зашифрованный текст на древнем папирусе, когда все буквы понятны, а значения слов, которые они образуют, неизвестны.

Геном вируса Эбола менялся по мере перехода от человека к человеку — то тут, то там переставлялись буквы, в геноме вируса, состоящем из 18 959 букв, все время возникали случайные ошибки. Количество ошибок нарастало; свойства «роя», судя по всему, менялись. Но что же означали эти ошибки? Эволюционировал ли вирус?