Все доски соединялись на концах S-образными затворами и состыковывались встык, что обеспечивало ладье прочность и водонепроницаемость. По современной терминологии кораблестроителей, доски Царской ладьи были соединены по принципу обшивки испанских каравелл, одна к одной, а не внахлест, когда одна доска заходит на другую.
Помимо веревочных стяжек доски корпуса Царской ладьи соединялись по длине деревянными клиньями-замками, расположенными на разных расстояниях. Внутри корпуса поверх выступов над продольными досками — стрингерами в местах их стыковки стояли длинные тонкие поперечные крепления, полукруглые в сечении, а поскольку они были связаны с корпусом изнутри веревочными стежками, конопатить эти соединения не было надобности. И с обоих концов ладьи торчали уже упомянутые выше заостренные, как наконечники копий, доски, связанные с настилом днища и боковыми досками обшивки; к ним крепились штевни в виде пучков папируса.
Шестнадцать поперечных опор, или бимсов, массивных изогнутых распорок, каждая вырезанная из целого кедрового ствола, были вставлены внутрь корпуса и связаны с его досками, укрепляя тем самым каркас Царской ладьи. С бимсами были связаны ряды из семи подпорок с раздвоенными концами, которые, в свою очередь, поддерживали длинный стрингер, или доску днища, проходящего посередине судна. Этот стрингер обеспечивал продольную прочность корпуса в дополнение к сорока шести поперечным балкам, или распоркам, скрепленным со стрингером пазами через равные промежутки. Концы этих распорок входят в пазы бортовых досок обшивки обеих сторон ладьи. Одна из этих распорок, расположенная спереди средней части корпуса, была гораздо толще и шире других, и Бьёрн Ландстрём предположил, что к ней, видимо, крепилась раздвоенная книзу мачта. Однако никаких следов этой мачты или каких-либо иных предметов парусного снаряжения в корабельной траншее не обнаружено.
На поперечных распорках по обоим бортам ладьи лежали длинные боковые доски — опоры палубного настила. На этих двух опорах лежали поперечные доски самой палубы; они были закреплены в пазах, но не намертво. В носовой части десять тонких столбиков поддерживали маленький балдахин или навес. Их капители представляли собой изящно вырезанные стилизованные бутоны, папируса, такие же, как на резных колоннах главного балдахина. Не совсем понятно, для чего предназначался этот навес. Чтобы оберегать от солнечного зноя изображения божества? А может быть, просто лоцмана? Или капитана, или его первого помощника, или еще кого-нибудь из команды? А может быть, под этим навесом сидел жрец, возглавлявший церемонию священного плавания?
Главная палубная каюта занимала всю кормовую часть ладьи и состояла из двенадцати деревянных экранов, или панелей, по пяти с каждого борта и по одной спереди и сзади. Двойная дверь с задвижкой изнутри вела со стороны носа ладьи в маленькую прихожую, и вторая аналогичная дверь отделяла прихожую от самой каюты. Внутри ее три деревянные колонны с пальметтами наверху, похожие на колонки тронного кресла царицы Хетепхерес, поддерживали центральную опору крыши каюты. Еще одна дверь выходила в сторону кормы ладьи. Двери с носовой части в прихожую и вторая — в каюту были сдвинуты по отношению одна к другой, чтобы гребцы, которые стояли (или сидели?) на передней палубе, не могли заглянуть внутрь. Внутри каюты жарким летним днем, вероятно, царили влажная духота и полумрак. Кроме дверей, здесь не было никаких иллюминаторов или других отверстий для вентиляции. Однако, по утверждению Хаджи Ахмеда, на корабле имелось одно весьма хитроумное приспособление для вентиляции каюты: она была окружена колоннадой из тридцати шести колонн с такими же капителями в виде бутонов папируса, которые поддерживали тонкие поперечные планки, находившиеся примерно в пятнадцати сантиметрах над крышей каюты. Хаджа Ахмед полагает, что этот легкий каркас поддерживал вторую кровлю скорее всего из камышовых циновок с ярким геометрическим узором, подобную — тем, что часто изображаются над лодками на стенных росписях более позднего периода. Если эти циновки постоянно поливали речной водой, они играли роль пусть первобытного, но весьма эффективного кондиционера, создавая путем испарения слой охлажденного воздуха между этой кровлей и каютой. Навес из циновок простирался не только над самой каютой, но и над носовой частью палубы ладьи, прикрывая гребцов от лучей палящего летнего солнца.