17 июня «Королева» вышла в новый рейс. На сей раз пунктом назначения был Суэц. На борту находилось 10 тыс. британских солдат. Эскорт составляли восемь эсминцев и крейсер ПВО. В Бискайском заливе конвой был обнаружен германским патрульным бомбардировщиком «Кондор». Правда, самолет тут же был обстрелян с кораблей эскорта, его экипаж отказался от атаки и предпочел скрыться. Вскоре конвой вошел в мощную полосу тумана, под покровом которого капитан «Королевы» отослал эскорт домой и направил свое судно на юг с максимальной скоростью.
25 июня «Куин Элизабет» зашла на дозаправку в порт Фритаун, а неделей позже отдала якоря на рейде военно-морской базы Саймонстаун под Кейптауном. 5 июля, после дозаправки, лайнер взял курс на Суэц. Переход вдоль восточного побережья Африки занял 13 дней.
Как и в прошлый свой заход в Суэц, «Куин Элизабет» должна была взять в обратный рейс пленных, но на этот раз процесс погрузки был нарушен германским налетом на порт. Прервав приемку пассажиров, «Королева» вышла в рейс с половинной загрузкой — около 1400 пленных вместо планировавшихся 2800. Совершив дозаправки в Саймонстауне и Рио, лайнер 19 августа отшвартовался у кунардовского пирса в Нью-Йорке.
После того как пленные были переданы на попечение канадских солдат, экипаж стал готовить судно ко второму вояжу в Суэц через Гурок. Но у союзных военных планировщиков имелись другие виды на «Куин Элизабет»: лайнер в паре с «Куин Мэри» переводился на трансатлантический челночный маршрут, для которого он, в общем-то, и был предназначен. В каждом рейсе в восточном направлении судно должно было брать на борт около 15 тыс. солдат и офицеров, а обратно доставлять раненых, пленных и эвакуируемых гражданских лиц. В этой роли «Куин Мэри» дебютировала 2 августа, выйдя из Нью-Йорка в Гурок с 15125 пассажирами на борту.
«Куин Элизабет» подверглась очередной модернизации, в ходе которой из ее пассажирских помещений были удалены все койки и гамаки, установленные еще в Австралии, а на их месте были размещены складные многоэтажные конструкции. Койки были установлены во всех возможных помещениях — в том числе и не предназначавшихся ранее для перевозки людей. Фактически единственными местами, не занятыми под размещение людей, остались лестницы и трапы.
Рабочие верфи «Тодд» установили у оснований дымовых труб лайнера несколько одноствольных 20-мм зенитных автоматов, значительно усиливших ПВО судна. В ходе последующих стоянок в Нью-Йорке огневая мощь лайнера неуклонно возрастала: устанавливались новые 20-мм автоматы, а позже — одиночные и спаренные 40-мм зенитки. Кроме того, вскоре после подключения «Куин Элизабет» к трансатлантическому челночному мосту, на лайнере был смонтирован американский поисковый радиолокатор.
Переоборудование завершилось 29 августа, а два дня спустя «Королева» вышла в Гурок, имея на борту более 15 тыс. военнослужащих (личный состав целой дивизии!). И для экипажа, и для перевозимых военных этот рейс стал нешуточным испытанием: всем приходилось мириться с жизнью на борту судна-«муравейника», буквально нашпигованного людьми, и при этом умудряться как-то наладить быт. Солдаты обязаны были держаться строго внутри своей «зоны пребывания». Питались и спали по очереди. Экипаж же, в свою очередь, должен был приноровиться к ухудшившейся управляемости и большой валкости своего судна. Не следует забывать о том, что, в отличие от своей старшей сестры, «Куин Элизабет» была оснащена не обычными скуловыми килями, а активными успокоителями качки, которые в то время были еще достаточно ненадежны и обычно либо фиксировались в нейтральном положении, либо вообще убирались в колодцы. Посему лайнер и в незагруженном состоянии оставался достаточно валким судном. А нахождение на борту полтора десятка тысяч человек грозило опрокидыванием даже при умеренном волнении.
К счастью, самыми большими неприятностями в первом рейсе «Куин Элизабет» с целой дивизией на борту оказались лишь приступы клаустрофобии у некоторых солдат да случаи потери отдельными пассажирами своих коек или же пропуски времени принятия пищи.
5 сентября лайнер вошел в Ферт-оф-Клайд, где был разгружен в течение последующих двух суток. Приняв на борт военнопленных и солдат, направлявшихся в Штаты в отпуск или на переформирование, 8 сентября «Королева» вышла в обратный рейс и через шесть суток без приключений прибыла в Нью-Йорк.
В течение следующих восьми недель «Куин Элизабет» совершила еще два трансатлантических перехода «туда — обратно»: один из Нью-Йорка, а второй — из Галифакса. Оба вояжа прошли без приключений, если не считать плохой погоды и сильного волнения, типичных для осенней Атлантики. А вот на обратном пути в Нью-Йорк при возвращении из второго рейса лайнер вновь чудом избежал гибели.