Au matin du conseil, deux gentilshommes de sa suite se précipitent sur lui avant qu’il n’entre au château, l’exhortant à la prudence, lui demandant de faire demi-tour. Il les repousse ! Il gravit les marches qui le conduisent à la salle du conseil où il demande qu’on allume un feu : il a froid et il vient d’être pris d’un saignement de nez. Un peu plus tard, il se dirige vers la salle des gardes où il voit les Quarante-Cinq, garde rapprochée d’Henri III qui ont pris le prétexte, pour se trouver là, de lui demander d’augmenter leur solde. Les Quarante-Cinq le suivent. Il atteint la chambre du roi qui, caché dans son cabinet neuf, ne se montrera pas. Un huissier vient informer le Balafré que le roi le demande dans le cabinet vieux. Il doit donc faire demi-tour. Mais face à lui, d’autres Quarante-Cinq lui barrent le passage ! Henri de Guise comprend qu’il est cerné, qu’il va mourir. Son grand manteau l’empêche de dégainer son épée. Mais il se défend comme un beau diable, jette à terre quatre de ses adversaires, en blesse deux autres. Cependant, le nombre l’emporte, il est percé de toutes parts, il s’effondre. Il saigne abondamment. La mort ne viendra qu’au bout d’une demi-heure pendant laquelle il répète « Miserere Deus, miserere Deus… »
Prévenu que la besogne est accomplie, Henri III vient voir son rival étendu. La chronique du temps lui attribue cette phrase : « Il est encore plus grand mort que vivant ! » Dans la salle du conseil, le cardinal de Guise et les principaux ligueurs sont arrêtés et exécutés le lendemain. Le corps des Guise est brûlé, leurs cendres jetées dans la Loire. Aussitôt après l’assassinat du duc de Guise, Henri III est monté à l’étage supérieur où sa mère Catherine lutte contre la maladie. Elle ne conçoit ni joie ni peine de cette exécution. Elle semble fatiguée de tout, exténuée. Malgré ses efforts incessants, elle a échoué dans son entreprise de réconciliation. Et cet assassinat ne fait qu’ajouter à la violence qu’elle a toujours dû subir et parfois déclencher par imprudence. Elle est victime d’accès de fièvre, délire, pleure. Elle meurt le 5 janvier 1589. Juste à temps pour être épargnée par un terrible chagrin qui aurait, quelques mois plus tard, transpercé son cœur de mère.
Henri III a fait alliance avec Henri de Navarre. Tous deux ont rassemblé une armée de plus de 30 000 hommes qui va faire le siège de Paris aux mains des royalistes qui ne pardonnent pas l’exécution du Balafré. Le 1er
août 1589, à huit heures du matin, Henri III, installé à Saint-Cloud, est sur sa chaise percée dans sa chambre qui est tendue de violet depuis la mort de Catherine. Le procureur du parlement introduit auprès de lui un jeune moine jacobin de vingt-deux ans : Jacques Clément. Ce fils de paysans de Sens, impressionné par tout ce qu’il entend des prêtres catholiques, a décidé de tuer le roi qu’il prend pour un tyran. Il a confié son projet à ses supérieurs qui lui ont fourni tous les documents nécessaires afin d’approcher sans soupçon la personne du roi.