Согласно Ламарку, высшие животные, как и люди, имели больше органов и, следовательно, больше способностей, чем низшие, а воля берёт своё начало в актах суждения, осуществляемых органом интеллекта. В то время как процесс видовой трансформации, таким образом, мог бы дать историю интеллектуальных способностей, исследование Ламарком свободы действий и воли было основано на его интересе к физиологии человека. Однако Ламарк интересовался волей не только как биологическим или физиологическим феноменом, присущим индивидуальному организму; он также считал, что это позволяет людям играть активную роль в продолжающемся развитии их собственного вида – быть агентами своего собственного будущего. Эту идею не следует путать с карикатурой на водоплавающую птицу, «желающую», чтобы между её пальцами образовались перепонки, как насмешливо трактовали идеи Ламарка его основной оппонент Ж. Кювье (1769–1832) или учитель Ч. Дарвина Ч. Лайель (1797–1875). Вместо этого Ламарк понимал биологические изменения человеческого вида в соответствии с существующими социальными и политическими условиями, и поэтому он считал, что социальные реформы и управление окружающей средой являются ключевыми факторами в непрерывном развитии вида. Ламарк рассматривал естественную трансформацию и социальные изменения как взаимодополняющие силы. Именно благодаря этой связи он утверждал, что натуралисты обладают уникальным взглядом на социальные и политические проблемы.
Таким образом, его интересы в области метеорологии, физико-химии и атмосферных жидкостей, о которых мы уже упоминали, не были просто «периферийными» приложения к прото-теории эволюции. Более точным было бы сказать, что Ламарк намеренно принял все эти проблемы во внимание как факторы окружающей среды, стремясь объяснить, как люди пришли к существованию в их нынешнем состоянии – физически, социально и морально. Ещё в своих «Исследованиях о причинах главных физических явлений», которые, хотя и были опубликованы в 1794 году, но были составлены между 1776–1780 годами, он предположил, что живые тела формируются движением жизненно важных субстанций, а именно электричества, калорий и «магнитной жидкости», которые свободно проходили между окружающей средой и телом индивидуума, вследствие чего экономика и физиология животных всегда были вовлечены в более широкий процесс материального обмена и циркуляции с внешним миром. Внутри тела эти «субстанции» подвергались «оживлению» и тем самым поддерживали раздражительность животного и вызывали его жизненные движения. По мере их течения по клеточным тканям в ответ на полученные животным впечатления, они вырезали новые каналы и «трубки», что в конечном итоге вело к более сложной организации. У более развитых видов этот процесс в конечном итоге создавал орган интеллекта, который был достаточно сложным, чтобы выносить суждения и размышления, необходимые для совершения определённых действий.
Ламарк всегда говорил об агностицизме в отношении души или витализма, и считал знание, которое мы можем приобрести о возбуждающей причине органических движений, ограниченным, и что оно всегда будет ограничено тем, что мы можем почерпнуть из изучения законов природы. Вместе с тем, он недвусмысленно отрицал, что материя сама по себе может обладать способностью к чувствительности. Вместо этого только существо «во всей его полноте» могло чувствовать. Он считал, что моральная и физическая сферы онтологически различны, но внутренне едины; разумные существа испытывали не только физические, но и моральные потребности и эмоции. Именно с помощью этих последних люди способны возбуждать свою собственную волю к действию, в то время как первые просто приводят к автоматическим, непроизвольным действиям. Привычное повторение одних и тех же действий или проживание в одних и тех же условиях окружающей среды, таким образом, изменило бы физическую организацию человека, и такие изменения могли бы передаваться по наследству. От «затхлого воздуха» и недоедания до климата, образования, принуждения подчиняться властям – любой аспект образа жизни человека в конечном итоге оставляет свой отпечаток на теле. И Ламарку было совершенно ясно, что этот процесс повлиял и на интеллект, поскольку он был продуктом особенно сложной организации. Описание им «морального характера» включало способность «разумных животных», то есть людей, добровольно и сознательно направлять своё самосовершенствование. Ещё раз подчеркнём, что в то время такое «саморазвитие» не было второстепенной заботой для биологических исследований. Напротив, хотя интерес Ламарка к человеческому здоровью и благополучию, как мы знаем, и не привёл его к медицинской карьере, но оставался движущей силой на протяжении всей его жизни, когда он исследовал мир природы и живые организмы. И, какой бы мощной ни была способность к самосовершенствованию на индивидуальном уровне, взгляд Ламарка, в конечном счёте, был устремлён ещё дальше, на возможность социальных реформ и трансформаций.