Богословские идеи Мальтуса были наиболее чётко представлены в последних двух главах первого издания его «Опыта» (1798). Здесь он признаёт, что давление населения вызывает много страданий и зла, но не соглашается с тем, что это каким-либо образом ставит под сомнение благодать Творца. Демографическое давление допущено и даже предопределено Им как средство стимулирования человечества к достижению высшего блага. При этом Мальтус выступает против традиционного христианского представления о том, что этот мир есть место нашего «испытания», одним из аспектов которого могло бы быть и давление «закона народонаселения». Вместо этого он рассматривает мир как «могущественный Божественный процесс, предназначенный не для испытания, а для сотворения и формирования разума». Тем самым, он выразил сомнение во всемогуществе Творца, утверждая, что Бог не обладал силой «мгновенно» создавать совершенных людей. Напротив, требуется определённый процесс и определённое время для формирования существ с «возвышенными качествами разума». Он, по сути, утверждает, что Божественное всемогущество и Божественная благодать несовместимы – потому что по-настоящему благодатный Творец не подвергал бы человечество страданиям этого мира, если бы у Него была сила создать «совершенный» мир.
Мальтус рассматривал закон народонаселения как часть Божественного плана по пополнению и сохранению запасов земли, её полному возделыванию и заселению. Его отношение к мирским удовольствиям и комфорту было явно не пуританским и, даже можно сказать, склонялось к гедонизму. Его этика была направлена на улучшение мира, а не на его отрицание и отступничество. Он дал натуралистическую интерпретацию библейского учения о первородном грехе, описав его как изначальное состояние оцепенения и вялости каждого человеческого существа в момент рождения. Цель закона народонаселения и других трудностей, встречающихся в жизни, состоит в том, чтобы побудить человека подняться из этого первоначального состояния.
Теология Мальтуса включала доктрину «аннигиляционизма» (или «условного бессмертия»), согласно которой вечная жизнь не является неотъемлемой частью человеческой души при рождении, а даруется только тем, кто достигает в течение жизни на земле адекватного развития разума. Остальные после смерти не обречены на вечные страдания, но уничтожаются телом и душой. В том, что рукоположенные священнослужители Англиканской церкви в конце XVIII века выражали опасения по поводу доктрин первородного греха и вечных страданий, не было ничего необычного. Совершенно необычным было подвергать сомнению Божественное всемогущество и поддерживать доктрину «аннигиляционизма». Интересно, что последние две главы первого издания «Опыта» были исключены из последующих пяти изданий, вышедших при жизни Мальтуса. В этих более поздних изданиях по всему тексту можно найти следы многих его оригинальных теологических позиций из первого издания, но доктрина «аннигиляционизма» и сомнения в Божественном всемогуществе полностью отсутствуют. Это означает, что читатели, знакомые только со вторым и более поздними изданиями «Опыта», не могут полного представления о теологии Мальтуса.