Отказ от идей святого Франциска в самом ордене не мог не иметь благотворного эффекта. Это значит, что в некоторых францисканских монастырях всегда приветствовались радикальные взгляды в религии, философии и политике; в таких домах наблюдалась враждебность к Риму и одновременно имело место почитание памяти Бедняка из Ассизи, как вождя новой эпохи христианства и человечества, эпохи рожденного вновь Христа, пришедшего освободить своих братьев от цепей Закона. В Италии, Южной Франции и Испании, а позднее также и в Германии наиболее активная часть францисканских монахов и монахинь объединилась с последними выжившими вальденсами, альбигойцами и другими подобными движениями, находившимися в подполье. Образовалась настоящая отдельная церковь со своими святыми и мучениками, среди которых были те самые спиритуалы, казненные Римом. Например, четыре спиритуала, приговоренные в Марселе в 1318 г., были почитаемы как «католические и славные мученики» во всей Южной Франции и Каталонии.
Большинство орденских братьев, однако, поддерживали победивших конвентуалов. Последние считали своим долгом сражаться на трех фронтах: против проникновения в их дома спиритуалов, против еретиков всякого сорта и против ограничительных практик университетов, где не приветствовали преподавателей – монахов нищенствующих орденов.
Хотя другой большой нищенствующий орден, орден доминиканцев, был основан примерно в то же время, его положение было во многом иным. Доминик, кастилец по рождению, научился распознавать еретиков в Лангедоке, когда он еще был молодым человеком. Его орден стал мечом церкви, направленным как против внутренних, так и внешних врагов. Доминиканцы,
Братьев ордена, основанного святым Домиником (скончался в 1221 г., канонизирован в 1234 г.), никогда не терзали душевные искушения, которые испытывали последователи святого Франциска. Повышенная эмоциональность и экстаз, пророчества и эсхатология – все эти черты были чужды темпераменту доминиканцев. Доминиканцы подвергались иному искушению – жажде познания; они стремились исследовать «высоты и глубины Божества». Однако достижения Майстера Экхарта и других французских и немецких доминиканцев показывают, что и они были свободны от всяких ограничений.
Оба ордена предприняли особые усилия, чтобы привлечь к себе мирян и женщин, тех самых людей, у которых отсутствие позитивного религиозного чувства в значительной степени способствовало быстрому распространению движений катаров, вальденсов и других неортодоксальных религиозных групп. Франциск основал свой «второй орден» кларис-синок, который возглавила святая Клара Ассизская. В 1212 г. в Порциункуле она приняла обеты добровольной бедности и целомудрия. Доминик с самого начала был решительно настроен против основания женской общины в своем ордене. Его чисто мужскому характеру претила сама мысль попечения о женских душах. В итоге, когда все же были основаны несколько обеспеченных доходами женских домов Доминиканского ордена, мужская часть ордена пожелала избавиться от ответственности за их духовное руководство. Однако в Германии им вменили это в обязанность; там расцвел тот самый мистицизм, что стал прекрасным плодом христианства в Германии.
«Третьи ордена» францисканцев и доминиканцев были предназначены для мирян, которые могли принимать также и бывших членов прекративших свое существование братств. Продолжая жить в миру, человек мог попытаться реализовать в своей жизни монашеский идеал. В этих орденах подвизались известные святые: Елизавета Венгерская, Людовик Французский, Ядвига Силезская.