Несмотря на сопротивление научным экспериментам, в изучении анатомии в Средние века достигли определенных успехов. Для препарирования и проведения опытов, например в Салерно, во второй половине XI – начале XII в. использовали свиней, а затем в анатомических театрах стали вскрывать трупы преступников. Однако великий век анатомии наступил только в XIV в., основоположником ее стал итальянский врач и анатом Мондино де Луцци. В 1252 г. в Падуе появился труд Бруно да Лонгобурго
Клиническая медицина обрела защиту в лице арабских и еврейских ученых; искусство врачевания начало передаваться по наследству в некоторых семьях, и сложились целые врачебные династии, просуществовавшие по крайней мере с XII до XIV–XV столетий. Близкий друг Аверроэса по имени Ибн Зухр (Авензоар), вероятно величайший из мусульманских врачей, происходил из семьи врача в мусульманской Севилье, в Испании; он был представителем врачебной династии, насчитывавшей шесть поколений. Существовали также кланы еврейских докторов в Испании, Провансе и Италии, где евреи были домашними врачами и астрологами на папской службе. Преемственность профессии, которая давала практикующим врачам уверенность в своем призвании и формировала традицию, была немаловажным фактором.
Были также семьи переводчиков, которые занимались переводами различных трактатов, и не только медицинских, и писали к ним комментарии. Например, Яков бен Махир ибн Тиббон, математик, астроном и зоолог, один из величайших переводчиков с арабского языка на еврейский, происходил из известной семьи образованных евреев и возглавлял сторонников Маймонида в борьбе против старых раввинов-ортодоксов. Тексты его переводов цитировали Кеппель и Коперник.
Естественные науки были оттеснены на обочину европейской интеллектуальной жизни, в среду маргинальных групп общества. Их изучали вне университетов, и именно те еврейские и мусульманские ученые и францисканцы-спиритуалы, чьи воззрения считались ересью. Было еще одно важное направление научных исследований – практическая механика. Ею занимались люди из низших слоев общества, в основном люди ручного труда, но она привлекала внимание, будучи основой технологического прогресса, людей образованных, таких как Иордан Неморарий, механик и математик XIII в. У него был анонимный ученик, которого Пьер Дюэм, французский физик и историк науки, называл «предтечей Леонардо да Винчи». Герард Брюссельский, Роджер Бэкон, Петр Иоанн Оливи и еще несколько исследователей, которые работали в Падуе, Оксфорде, Фландрии и Силезии, занимались некоторыми вопросами, относившимися к области техники в узком смысле слова. Но должно было пройти еще несколько столетий, прежде чем установилось плодотворное сотрудничество между академиками и ремесленниками на самом начальном этапе существования Лондонского королевского общества, в Нидерландах и во Франции в начале XVIII в.
В 1600 г. Уильям Гильберт (придворный врач королевы Елизаветы I) опубликовал шеститомный трактат «О магните, магнитных телах и большом магните – Земле», первый печатный труд, написанный академиком, который описывает исключительно научный объект на основании проведенных опытов и наблюдений. Гильберт был горд тем, что он воспользовался при написании своего труда профессиональным опытом горняков и моряков. Он придавал особенное значение работам Роберта Нормана, моряка в отставке, который изучал способы производства компасов и записывал свои наблюдения. Но еще в 1269 г. Петр Чужак (Peter the Stranger), во время осады Лучеры в Калабрии, написал трактат о магнитах, один из наиболее замечательных памятников средневековых экспериментальных исследований в области изучения магнетизма.