Августин, который пользовался большим авторитетом в Средние века, изменил свое мнение о веротерпимости, что имело катастрофические последствия. Первоначально он выступал против всякого принуждения. Но во время его конфликта с донатистами в Северной Африке он огласил вероучительное правило, которое сохранялось в течение сотен лет, смысл его был один – «заставить их присоединиться». Донатисты ответили на это аргументом, у которого тоже была долгая жизнь и который приводили регулярно все преследуемые нонконформисты начиная с XII в. Он звучал так: «Истинная церковь та, которую преследуют, но не та, что преследует».
Алкуин, авторитетный теолог при дворе Карла Великого, резко критиковал императора за то, что тот насильно обращал англосаксов в христианство во время войн с ними в конце VIII – начале IX в. Алкуин был уроженцем Британских островов, и его взгляды были наследием традиции свободы, присущей «кельтской» церкви. В XI в. епископ Вазо Льежский выступил против жестокого обращения с еретиками во Франции. В XII в. две великие традиции толерантности и нетерпимости вошли в противоречие друг с другом; в XIII в., в эпоху схоластики и академического обучения, когда церковь представляли канонисты и папские политики, нетерпимость восторжествовала, как в теории, так и на практике. Фома Аквинский требовал самого сурового наказания для еретиков, а также для вероотступников
Для «открытого» XII в. было характерно сосуществование различных точек зрения, как в духовной жизни, так и в науке. Внимание христианских философов и теологов было сосредоточено на трех основных группах общества: евреях, еретиках и мусульманах. В первый раз всерьез обсуждалась возможность существования плюралистического общества: могут ли люди разных вер жить вместе в одном государстве и одном обществе? Положение осложнялось, с одной стороны, как уже говорилось, традицией преследования несогласных, а с другой – тем фактом, что иудаизм, ислам и христианство, три тесно взаимосвязанные веры, были крайне нетерпимы в вопросах догматики. Так что насущным вопросом становился вторичный вопрос: приведет ли нетерпимость в догматике к нетерпимости в отношении отдельных «неверующих». Много дополнительных вопросов было связано с основным. Например, дозволяется ли исповедующим какую-либо веру признавать отдельные положительные черты в другой вере и каким правилам поведения они должны следовать в случае конфликта с представителями другой веры.
«Кругом одни евреи». Эти слова принадлежат хронисту XIII в., но они выражают общую проблему всего XII в. Руперт Дойц, Бернард Клервоский, Петр Достопочтенный, Абеляр и многие другие обсуждали вопрос, могут ли евреи быть терпимы в христианском обществе. Их ответ оказался утвердительным: Христос был еврейской крови, евреи будут спасены при конце мира, и, конечно, они требуют к себе снисхождения. Бернард Клервоский в письме к архиепископу Майнца Генриху безоговорочно осудил некоего монаха Радульфа, который призвал к преследованию евреев в преддверии крестового похода. Такова была либеральная Европа XII в., широко и непредвзято смотревшая на мир. Жильбер Криспен (скончался в 1117 г.), аббат из Вестминстера, рассказывая о диспуте между ним и образованным евреем из Майнца, который приехал в Англию по торговым делам, сообщает, что обсуждение происходило в предельно взаимоуважительной манере. Есть свидетельства о подобных дискуссиях в Испании, Франции и Италии. В XIII в. общественные диспуты между христианскими теологами и евреями были запрещены (в Париже в 1208 г., в Трире в 1223 г. и отдельно папой Григорием IX в 1232 г.). Но средневековое общество, которое находило такое удовольствие в дискуссиях и обсуждениях, не сразу могло избавиться от старой привычки. Диспуты продолжились под патронатом короля, в Париже в 1240 г. в присутствии Людовика IX, и в Барселоне в 1262 г. в присутствии короля Арагона Хайме I. Тем не менее изменилась их атмосфера. От открытого обсуждения быстро перешли к оскорблениям и обвинениям; евреев обличали как «порочную и развращенную нацию». Именно это отношение эпохи позднего Средневековья одновременно с церковными проповедями, направленными против «проклятого племени», было унаследовано более поздними поколениями. Папа Иоанн XXIII только в 1958 г. повелел удалить упоминание о «предательстве» евреев из пятничной молитвы Страстной седмицы.