Внутрипартийный кризис.
Спорам об отношении к социализму было придано новое измерение после публикации в газете «Советская Россия» весной 1988 г. большой статьи Н. Андреевой «Не могу поступиться принципами». Автор обвинял перестройку в забвении идеалов социализма, в очернении исторического прошлого и роли Сталина в истории страны. Статья встретила поддержку руководителей многих партийных организаций и вызвала острую полемику в Политбюро, результатом которой стало официальное осуждение идей, содержавшихся в статье Н. Андреевой. На практике статья Н. Андреевой стала свидетельством начавшегося идейного раскола внутри КПСС, появления «фундаменталистского» крыла в партии. Споры продолжились на XIX Всесоюзной партийной конференции, состоявшейся летом 1988 г. Значительная часть делегатов были избраны уже на новых, альтернативных выборах. С начала выборов делегатов первичные партийные организации в разных концах страны стали выдвигать на нее Б.Н. Ельцина. Так как работа конференции транслировалась в прямом эфире, то выступление Б.Н. Ельцина с критикой партийного руководства стало началом его возвращения в публичную политику.Результатами конференции было принятие решения об изменении Конституции СССР и воссоздании Съезда народных депутатов СССР как высшего органа государственной власти в стране, а также о выборах народных депутатов на альтернативной основе.
Итоги конференции свидетельствовали, что внутри КПСС начались формироваться различные фракции, впервые в истории СССР начался массовый выход людей из партии.
Как утверждалось всей официальной пропагандой страны в течение десятилетий, национальный вопрос в СССР был решен. Однако со второй половины 1980-х годов национальный фактор в политике обозначился с неожиданной силой.
11 декабря 1986 г. после отставки первого секретаря ЦК КазССР Д. Кунаева Политбюро решило рекомендовать (а по существу назначить) его преемником Г.В. Колбина, прежде работавшего вторым секретарем ЦК Компартии Грузии. После объявления этой новости в Алма-Ате начались волнения, в которых активное участие приняли студенты гуманитарных вузов, протестовавшие против назначения первым секретарем русского. Волнения быстро переросли в беспорядки, в которых приняли участие десятки тысяч людей, вооруженных камнями и палками. Для подавления волнений были применены войска МВД. Беспорядки длились несколько дней. Были убитые и раненые. Их итогом стало назначение на должность первого секретаря ЦК КазССР Н.А. Назарбаева.
Летом 1987 г. возобновились акции протеста крымских татар, требовавших возвращения на родину, в Крым и восстановления так называемой крымско-татарской автономии.
Крупнейший этнический конфликт разворачивался в Закавказье вокруг статуса Нагорного Карабаха — армянского по своему этническому составу анклава на территории Азербайджана. Волнения в Карабахе и Армении с требованием воссоединения начались уже в феврале 1987 г. В Армении и Нагорном Карабахе состоялись массовые манифестации, демонстрации, собрания на предприятиях и в учреждениях под лозунгами защиты перестройки и воссоединения Карабаха с Арменией. 20 февраля внеочередная сессия областного Совета Нагорного Карабаха приняла решение просить верховные советы Азербайджана и Армении о передаче автономной области из состава Азербайджана в Армению. Это, в свою очередь, вызвало протесты в Азербайджане. В Баку и его промышленном пригороде Сумгаите произошли демонстрации под лозунгами «Нагорно-Карабахская область — неотъемлемая часть Азербайджана». 27-29 февраля в Сумгаите произошел кровавый погром армянского населения.
Партийный аппарат обеих республик не только не препятствовал разжиганию межнациональной розни, но сам активно участвовал в националистических движениях. Вопрос о национальной политике КПСС был вынесен на обсуждение ноябрьского (1988) Пленума ЦК КПСС, однако становилось ясно, что националистические движения в союзных республиках находят поддержку в партийных структурах.
На фоне карабахских событий развернулись сепаратистские движения в других республиках. В Латвии, Литве, Эстонии шли выступления с требованием опубликовать «секретные протоколы» к Советско-германскому договору 1939 г., сообщить сведения об обстоятельствах вхождения Прибалтийских республик в СССР в 1939-1940 гг. В начале июня 1988 г. в Литве было создано политическое движение «Саюдис», ставившее своей целью выход Литвы из состава СССР. Летом-осенью 1988 г. в Прибалтийских республиках возникли Народные фронты. Верховные советы этих республик приняли решения о провозглашении национальных языков государственными, лишив этого статуса русский язык. Учитывая многочисленность русского и русскоговорящего населения, эта мера принимала дискриминационный характер по отношению к русским, объявленным «оккупантами».
Национальные проблемы обозначились также на Украине и в Белоруссии.