Руководство КПСС оказалось неспособным ответить на эти вызовы. В сущности в национальной политике КПСС сосуществовали два теоретических принципа, которые противоречили друг другу: принцип пролетарского, позже — социалистического интернационализма, который обеспечивал унитарный характер СССР и входивших в нее частей, и принцип «права наций на самоопределение», зафиксированный во всех советских Конституциях.
Для многочисленных автономий России представлялась актуальной задача выравнивания прав автономных и союзных республик, тем более что многие автономии, такие как Якутия, Татарстан, Башкирия, обладали промышленно-экономическим потенциалом, превышавшим потенциал многих союзных республик. Особое место занимали сложнейшие проблемы восстановления прав репрессированных народов — чеченцев, ингушей, крымских татар, поволжских немцев.
Во всех республиках упорно разыгрывалась антирусская карта, всячески пропагандировалась мысль о том, что именно они «кормят» Россию и центр. В условиях экономического кризиса возникала соблазнительная мысль — выйти из СССР и добиваться экономического процветания самостоятельно.
По закону о выборах народных депутатов СССР весной 1989 г. предстояло избрать 2250 депутатов на пять лет, в том числе треть — 750 депутатов — от территориальных округов (примерно с равной численностью населения), другая треть — от национально-территориальных округов (от каждой союзной республики — по 32 депутата, от автономной — по 11, по одному депутату — от каждого автономного округа). Кроме этого, треть депутатов избиралась от общественных организаций, к которым относились — КПСС, профсоюзы и кооперация (они получили по 100 депутатских мест каждая), по 75 мест получили комсомол, женсоветы, ветеранские организации, научные общества, творческие союзы, еще 75 мест приходилось на мелкие общественные организации — общества книголюбов, дизайнеров, филателистов и т.п.
Выборы стали мощным фактором политизации населения страны. Впервые за многие десятилетия появилась легальная возможность заявить о своих взглядах, отличавшихся от официально утвержденных партийным аппаратом. В процессе избирательной борьбы наметились две основные темы. Первая касалась политики партии. Альтернативность выборов автоматически превращала КПСС в объект критики. Вторая — национальной политики в стране. Выборы легализовали национально-сепаратистские движения в союзных республиках. Представители «народных фронтов» получили депутатские мандаты и связанные с этим права и полномочия.
Избирательная кампания подхлестнула тлевшие многие десятилетия межнациональные конфликты: в Грузии — между Грузией и ее автономными республиками Южной Осетией и Абхазией, в Молдавии — между русскоязычным Приднестровьем, тюркоязычной Гагаузией и собственно Молдавией. Требования ликвидации автономий в составе Грузии, особого статуса Абхазии и выхода Грузии из состава СССР, выдвигавшиеся националистическими движениями во главе со З. Гамсахурдия, И. Церетели, Г. Чантурия, стали причиной массовых беспорядков в Тбилиси. Партийное руководство республики во главе с первым секретарем Д. Патиашвили по согласованию с Москвой приняло решение применить войска для разгона демонстрантов. В ночь на 8 апреля в столкновении с войсками погибли 19 человек, сотни людей были ранены, получили отравление в результате применения полицейских газов.
Выборы оказались тяжким испытанием для партии, провозгласившей себя «ядром политической системы СССР», Б.Н. Ельцин, избранный по Московскому национально-территориальному округу (получил 89% голосов), пошел на открытое противостояние ЦК.
В депутаты прошли люди, неведомые прежде, выбранные именно потому, что они противостояли партийному аппарату. Так, депутатами стали А.А. Собчак, Ю.Ю. Болдырев, Г.Э. Бурбулис, А.Н. Мурашов, С.Б. Станкевич и другие, а также люди очень известные, получившие свои мандаты через общественные и творческие организации, — академики А.Д. Сахаров и Д.С. Лихачев, экономист Г.Х. Попов. В то же время не были избраны около 30 секретарей обкомов и горкомов КПСС.
Первый Съезд народных депутатов СССР открылся в Москве 25 мая 1989 г. Съезд сразу же пошел по иному сценарию, чем предполагали его организаторы. Не успел председатель Центральной избирательной комиссии закончить свое выступление, как на трибуну выскочил никому до этого не ведомый рижский врач В.Ф. Толпежников и предложил делегатам почтить память погибших при разгоне демонстрации в Тбилиси. Опять-таки, вопреки регламенту, академик А.Д. Сахаров с трибуны предложил считать съезд учредительным собранием, принять на нем новую демократическую конституцию, проект которой он и предложил.