Уже в первый день работы съезда обозначились острейшие национальные проблемы. Депутаты от Грузии настаивали на расследовании событий в Тбилиси, депутаты от Армении и Азербайджана обращались со взаимными обвинениями в связи с событиями в Сумгаите и Карабахе. Национально-сепаратистские движения получили реальное представительство в республиканских фракциях на съезде.
Председателем Верховного Совета СССР, образованного съездом, стал М.С. Горбачев. При голосовании он получил абсолютное большинство. За — 2123 человека, против — 87.
Уже первые часы и дни работы съезд стал событием: кажется, в мае и июне были включены все телевизоры и радиоприемники; трансляцию съезда слушали и смотрели все, в течение нескольких часов мало кому известные прежде люди, избранные депутатами, становились знаменитыми на всю страну, их узнавали не только «в лицо», но и по голосу. Трансляция заседаний съезда стала мощнейшим, не имевшим прежде аналогов, катализатором политизации общества. Люди изменились быстрее, чем можно было представить.
При выборах депутатов в состав Верховного Совета СССР произошел неизбежный раскол. Ряд лидеров оппозиции не были включены в состав Верховного Совета СССР. Это дало основание Ю.Н. Афанасьеву обвинить и депутатов съезда, и председательствующего М.С. Горбачева в том, что Верховный Совет формируется как «сталинско-брежневский», и назвать большинство съезда «агрессивно-послушным большинством». Выступавший следом за Афанасьевым Попов объявил о создании «межрегиональной депутатской группы» (МРДГ), по сути — о создании политической оппозиции в составе Съезда.
МРДГ окончательно оформилась уже после окончания съезда, 29-30 июля 1989 г., когда состоялось ее первое собрание. Сопредседателями стали Ю.Н. Афанасьев, Б.Н. Ельцин, В.А. Пальм, Г.Х. Попов и А.Д. Сахаров. Принципиальными положениями программы МРДГ стали:
- признание частной собственности, в том числе на землю;
- децентрализация власти;
- экономическая самостоятельность республик, повышение их суверенитета.
Экономическое положение в стране продолжало осложняться. Академик Л.И. Абалкин, ставший к этому времени вице-премьером Совета министров СССР, сообщал, что в 1989 г. дефицит бюджета был равен 120 млрд руб., на руках у граждан находилось 100 млрд руб., на которые нечего было купить. Магазины стояли пустыми, товары, поступавшие в них, мгновенно раскупались и перепродавались не по официальным, относительно низким, а по высоким рыночным ценам.
Министр финансов В.С. Павлов указывал на нарастающее противоречие между ростом расходов госбюджета (с 1985 по 1988 г. на 73 млрд руб., т.е. на 18%) и реальным сокращением произведенного национального дохода (за этот период он вырос только на 46,5 млрд руб., т.е. на 11,1%). Дефицит госбюджета достиг 11% валового национального продукта, или 15% национального дохода, а государственный долг — двух третей национального дохода.
По мере осложнения внутриполитического положения М.С. Горбачев и его окружение — А.Н. Яковлев, Э.А. Шеварднадзе стали искать поддержку на Западе. Активная внешняя политика, достижение договоренностей по разоружению и, главное, признание достижений перестройки Западом должны были стать фактором воздействия на общественное мнение внутри страны.
В начале декабря 1988 г. состоялся визит М.С. Горбачева в Соединенные Штаты для подписания договора о сокращении численности ракет средней и меньшей дальности. В Нью-Йорке он выступил в ООН с докладом о «новом мышлении», единстве человечества перед общими угрозами — ядерной войны, экологическими проблемами, призывал отказаться от применения силы или угрозы применения силы как от инструмента внешней политики, заявлял о готовности СССР сделать свою военную доктрину исключительно оборонительной, о большом сокращении советских вооружений в Восточной Европе. Тогда же прошли встречи Горбачева с только что избранным президентом Д. Бушем и его предшественником Р. Рейганом.
По мере роста международного авторитета М.С. Горбачева неуклонно снижался его авторитет внутри страны, а КПСС утрачивала свое влияние. Положение дополнительно осложнялось тем, что впереди были выборы на республиканские съезды народных депутатов, в том числе на российский съезд. Было очевидно, что центр политического противостояния окажется именно там, тем более, что Б.Н. Ельцин заранее объявил о том, что будет добиваться поста президента России.