В 1584 году Иван Грозный умер. Воцарился его сын, Федор Иванович. Это был богомольный человек, не склонный активно участвовать в делах правления. Шесть лет спустя настоятель Соловецкого монастыря Иаков собрал иноков на совет, чтобы воплотить в жизнь идею, давно беспокоившую умы братии. Прошло два десятилетий, как тело старого митрополита лежит в земле; к нему на Соловках обращают молитвы, его чтят, его поминают добрым словом, так отчего же тело его до сих пор находится в случайном месте – там, где Филиппа упокоила смерть? Отчего до сих пор оно не перенесено на блаженные острова, где имя покойного произносят с благоговением? И как приступить к этому делу, чтобы исполнить его с честью для обители?
Для осуществления монастырского замысла как раз представился удобный случай. Государь Федор Иванович лично прибыл с армией к Новгороду Великому, откуда совершил в первые месяцы 1590 года поход против шведов. Поход принес русским полкам целый ряд побед, удалось вернуть несколько крепостей, потерянных еще при Иване IV. Для соловецких монахов это был наилучший момент, чтобы просить богомольного царя о милости. Скорее всего, именно тогда они получили разрешение вывезти останки митрополита Филиппа из тверского Отроча монастыря. Узнав об их прошении, Федор Иванович «…зело удивися милосердию Божию, како милостивый Господь воспоминает и по смерти раб своих, хранящих заповеди Его». Посовещавшись с боярами, царь отправил грамоту Тверскому епископу Захарии. Тот, в свою очередь, пишет в Отроч монастырь повеление: «Показать гроб, где лежат мощи святителя Филиппа».
Наконец, соловецкие старцы во главе со своим игуменом добираются до Отроча монастыря. А там уже сложилось свое почитание Филиппа.
Местные иноки не желали расставаться с мощами Филиппа и даже пытались скрыть то место, где они закопаны. Однако грамота Федора Ивановича и настойчивость Соловецких посланцев сделали свое дело. Место, где был погребен Пастырь, начали раскапывать в присутствии епископа. К тому времени в монастыре оставались люди, помнившие, как его хоронили. И они предупредили землекопов: придется поработать – гроб заложили глубоко. Каково же было их удивление, когда его крышка отозвалась глухим звуком на удар лопаты, едва вонзившейся в землю!
То, что произошло при вскрытии гроба, Житие представляет как большое чудо, совершившееся при множестве свидетелей. Сначала гроб не могли поднять, хотя и прикладывали к нему общие усилия нескольких работников. Епископ Захария счел, что для такого случая не сила требуется, а вера. Он коснулся досок со слезным молением простить, обращенным к Филиппу. Тогда гроб сам по себе сдвинулся с места… «И было благоухание по всему городу. Открыв гроб святого, обрели в нем целые и нерушимые мощи. Лицо его сияло, а одежд не коснулось тление».
Епископ первым поцеловал мощи, а вслед за ним потянулись к открытому гробу священники, монахи и местные жители всякого звания. У мощей они просили прощения за грехи, молили Филиппа быть небесным заступником за Тверь.
Лишь когда прощание со старым митрополитом закончилось, игумен Иаков с братией положили гроб на речное судно. Иноки проделали часть дороги по реке, затем перегрузили мощи на телегу и повезли их через всю Россию, к Белому морю. Добравшись до побережья, монахи переместили мощи с воза на корабль. Когда по Соловецкому архипелагу прошла весть о возвращении старинного «хозяина» островов, у причалов собралась толпа народу, из монастырских ворот вышли священники с кадилами и монахи со свечами. От пристани до соборной церкви мощи несли на руках под пение молитв.
Когда-то Филипп, еще не митрополит, а игумен соловецкий, занялся строительством большой Спасо-Преображенской церкви. Не чая отъезда в далекую Москву, он бывало, говаривал: «Здесь-то и поселюсь на веки вечные…» Теперь это было принято как пророчество: где святой