Наконец, именно Филипп способствовал умножению иконописных образов Зосимы и Савватия Соловецких. Судя по описи монастырского имущества, составленной в 1549 году, тогда, при начале игуменства Филиппа, в обители находилось 14 икон с изображениями этих святых. А по аналогичной описи 1570 года, составленной через четыре года после ухода Филиппа на митрополию, их уже 22.
Общероссийская канонизация основателей Соловецкого монастыря стала великим событием для северной обители. Ее настоятель стремился сделать так, чтобы монастырь его был достоин памяти преподобных Зосимы и Савватия, но паче того – их новой славы.
Среди прочих настоятелей, Филипп должен был отправиться в Москву в 1551 году, когда там проходил большой церковный собор, устанавливавший общие правила и запреты, касающиеся жизни духовенства. Позднее собор этот станут называть «стоглавым», поскольку текст ответов, данных Церковью на вопросы, заданные ей царем, был разделен в итоговом тексте на сотню глав. Видимо, на обратном пути Филипп зазимовал в Новгороде. 2 декабря он служил вместе с архиепископом Серапионом в храме Спаса на Нередице, когда хоронили высокродного аристократа, князя Курлятева. Будучи в Москве, игумен приобрел красочные книжные заставки в нововизантийском стиле, а также рисованные инициалы, которые затем были наклеены на листы рукописного Евангелия. Работы над Евангелием закончились в 1551 году, переписывал его соловецкий монах Иоасаф Белобаев. Впоследствии оно осталось в книжном собрании обители.
Соловецкий монастырь был форпостом православия на Беломорье, где до недавнего времени абсолютно господствовало язычество, да и в XVI веке крещение местных народов шло медленно и трудно. Обитель не могла не заниматься миссионерством. Особенно, если учесть, что под контроль соловецкой братии попали обширные территории по берегам Белого моря – после того, как они были переданы монастырю государевыми грамотами. Обитель (а значит, и ее настоятель) обязана была вести дело к крещению местных язычников, в этом состоял христианский долг ее иноков. Да и самые прозаические обстоятельства также принуждали вести проповедь Христовой веры: ведь иначе местное население могло проявить враждебность к монахам, занятым колонизацией новых земель. По монастырскому преданию, первые иноки – насельники Большого Соловецкого острова должны были выдержать борьбу с язычниками-карелами… К сожалению, материалов о миссионерской деятельности соловецкой братии в середине XVI века сохранилось совсем немного. Известно, что именно с Соловецкой обителью связаны подвиги подвижника-миссионера Феодорита Кольского, крестившего лопарей в районе селения Кола. По словам современного историка А.А.Королева, «…не вызывает сомнения, что в эти годы соловецкая миссия на Кольском полуострове не сводилась к деятельности одного блаженного Феодорита. Не исключено, что именно соловчане построили Петропавловскую крепость на реке Поной, предназначенную для крещеных лопарей… Следует упомянуть и о Никольском монастырьке, который возник в Кандалакше в первой половине-середине XVI в., также, вероятно, при участии соловецких монахов (в монастырском храме существовал придел во имя Соловецких чудотворцов). Его насельники занимались обращением лопарей: в 1554 г. Иван Грозный пожаловал обители вотчину «для монастырского строения и для лопского крещения». Впоследствии Никольский Кандалакшский монастырь был приписан к Соловецкому, а в XVIII в. упразднен.
Да, при Филиппе Соловецкий монастырь стал жить богаче. У иноков появилась возможность устроить свой быт с большим комфортом. С бо́льшим, возможно, чем того требует монашеская жизнь. Но настоятель не для того выводил обитель из состояния принужденного нестяжательства, чтобы наполнить кельи богатством. Любой из братии, по его мнению, мог пользоваться таким количеством имущества, какое позволяло ему не отрываться от молитв и служб, от обычного ритма физических и духовных трудов, от монашеского делания. Избыточное накопление вещей у братии могло привести к тяжких соблазнам. Не следует иноку, оставившему мир ради высокого служения Богу и очищения собственной души, впадать в праздность, как сыр в масле кататься, позволять себе роскошества в одежде. Поэтому Филипп решил ввести «Устав о монастырском платье», регламентировавший, сколько и какой одежды мог иметь инок соловецкий. «Устав» получил силу в 1553 году.
Из документов, связанных с утверждением «Устава», известно, кстати, чем владел сам настоятель.