Поставлению Филиппа придавалось очень большое значение. На нем присутствовал сам Иван Васильевич, его сыновья Иван и Федор, а также удельный князь Владимир Андреевич Старицкий.
Когда Филиппа призвали в Москву, митрополия «сиротствовала». Но освободилась она не из-за смерти предыдущего главы Русской церкви, а совсем по другой причине. Крайне для царя неудобной.
С февраля 1564 года по май 1566-го митрополитом Московским и всея Руси был Афанасий, бывший духовник Ивана IV, возведенный на высшую ступень церковной иерархии – уникальный случай! – из белого духовенства. Иван Васильевич знал его давно. Этот смелый человек сопровождал царя в том славном походе, когда русская армия взяла Казань. Ему, безусловно, оказывалось самое высокое доверие со стороны государя. Да и прежний митрополит, Макарий, был с ним дружен: вместе они крестили царских детей, вместе «обновляли и починивали» иконы, будучи искусными иконописцами. И вот Афанасий, не спросясь у Ивана IV, сходит с митрополичьего двора в Чудов монастырь. Официальная летопись сообщает, что он оставил митрополию «за немощию велию». Собрался умирать? Вот уж нет: ни в этом, ни в следующем году бывший митрополит не окончит земное существование… В июне Афанасий уже не участвует в большом земском соборе, который решал вопрос о продолжении Ливонской войны. Отсутствие его подписи под итоговой грамотой покоробило современников. Иван IV никак не проявил своего недовольства Афанасием. Его не казнили, не сослали, ему не объявили опалу. Ему даже позволяли впоследствии поновлять иконы в Успенском соборе. Однако ощутимое напряжение между царем и Церковью появилось. Во времена Макария такого быть не могло.
Между тем, у охлаждения между государем и бывшим его духовником имелись веские политические причины. В 1564 году, очевидно, незадолго до учреждения опричнины, митрополит «печаловался» об опальных аристократах, которых Иван IV начал нещадно губить. Это твердо установленный факт. Собственно «печалование» об осужденных являлось давним правом Церкви. Она не имела возможности отменить казнь: все права казнить и миловать находились в руках государя, тут он по средневековому русскому законодательству не имел ни малейших ограничений. Митрополит и прочие иерархи могли только напоминать ему о христианском милосердии и любви. Но если от Макария Иван Васильевич готов был такие напоминания терпеть, то Афанасия, как видно, не обладал в его глазах столь же высоким духовным авторитетом. Или, может быть, конфликт с гордой знатью зашел слишком далеко, и старания митрополита привели царя в крайнее раздражение.
Уехав из Москвы в Александровскую слободу, Иван Грозный отказался от престола и разразился грамотой, в которой обвинял служилую знать, дворян, приказных людей (чиновников) в изменах, разорении казны, пренебрежении службой. Особая укоризна касалась духовенства: «И в чем он, государь, бояр своих и всех приказных людей, также и служилых князей и детей боярских похочет… в их винах понаказати… архиепископы и епископы и архимандриты и игумены, сложася з бояры и з дворяны, и з дьяки, и со всеми приказными людьми, почали по них же государю царю и великому князю покрывати». Митрополит не назван, но царь явно метил в него. Между тем, посадские люди получили иную грамоту, где говорилось, что на них Иван Васильевич гнева не держит. Таким образом, Иван IV провоцировал ситуацию, в которой торгово-ремесленный люд столицы мог подняться на бунт против верхушки общества. Русская аристократия и Церковь отправили в Александровскую слободу делегацию – вести переговоры о возвращении царя на царство. Из этих-то переговоров и родилась в январе 1565 года опричнина. Но вот какая деталь: митрополит Афанасий