Вторая турецкая война привела к потере в 1499 г. Модоне и Короне - важнейших восточных опор республики, а османские налетчики сжигали деревни в пределах видимости самой Венеции. Хотя Фредерик Лейн назвал эти события поворотным пунктом венецианской истории, началом "упадка", подобные суждения отражают более древнее представление о том, как функционируют государства, с оттенком поиска американским историком образцов для подражания в своей собственной стране. После 1500 г. морская гегемония, создавшая и поддерживавшая империю морских путей и торговли, держалась на страданиях гораздо более крупной державы, у которой был свой Арсенал в Золотом Роге и мореходное население, сравнимое с Ксерксом. К счастью для Венеции, османов больше интересовала суша, чем торговля, что позволило республике сохранить большую часть восточной торговли, но при этом неизбежно возросли расходы на оборону.
В то время как потеря двух глаз Республики ослабила контроль Венеции над Эгейским морем, позорное поведение флота, отправленного на их спасение, вызвало более фундаментальные вопросы. Неужели сама культура венецианской морской мощи начала приходить в упадок? После столетий относительной стабильности средиземноморской морской войны большие пушки и массивные парусные корабли привнесли новые элементы в сражения, которые до сих пор решались с помощью противопехотного ракетного огня и рукопашного боя - техники, в которой венецианцы преуспели. Война 1499-1500 гг. станет первой, в которой тяжелые пушки будут использоваться в качестве оружия поражения кораблей. Об их появлении стало известно в 1453 г., когда османские пушки массивными каменными снарядами потопили венецианские галеры у берегов Константинополя. В 1470 г. османская артиллерия сдерживала попытки венецианцев освободить порт Негропонте. В 1499 году эти орудия были установлены на тяжелых парусных кораблях водоизмещением до 2 тыс. тонн. Интеграция таких громоздких бегемотов в галерные флоты представляла серьезную проблему. На стратегическом уровне быстрые и маневренные галеры перемещались между близко расположенными базами, ограничиваясь запасами воды и выносливостью экипажа. Им не хватало огневой мощи громоздких парусных кораблей, зависящих от ветра, которые могли действовать без береговой поддержки неделями напролет. В бою тактическое взаимодействие между парусными и ветряными судами требовало исключительного мастерства моряков и жесткой дисциплины. По общему мнению, парусные корабли должны были занимать передовые позиции и вести огонь по наступающим вражеским галерам, разбивая вражеские соединения до вступления в бой гребных кораблей. Для этого адмиралам приходилось ждать попутного ветра или буксировать аргоси на место. И то, и другое отнимало много времени и вызывало сомнения. Небольшие парусные корабли были более маневренными, но менее внушительными.
В 1490-х годах венецианская военно-морская мощь достигла своего апогея: Генуя была отвлечена французским вторжением, и, хотя султан использовал флот для захвата Негропонте, его командиры избегали морских сражений. Когда в 1499 г. султан мобилизовал новую армаду, Венеция собрала мощные силы под командованием генерал-капитана Антонио Гримани, включавшие двенадцать больших галер, сорок четыре стандартных военных галеры, четыре массивных каррака, десять больших парусных кораблей и еще четырнадцать парусных судов у Модона на юго-западном побережье Пелопоннеса. Венецианская база находилась недалеко от древней Сфактерии, где афиняне смирили спартанскую гордость, в бухте, которую венецианцы называли Зонкио, а сегодня она известна как Наварино. Османам пришлось проплыть мимо Модона, чтобы доставить тяжелую артиллерию для осады венецианской крепости Лепанто в Коринфском заливе. Хотя у османов было больше кораблей, их галеры были легче, как и большинство парусных судов, за исключением двух чудовищных кораблей, набитых элитной пехотой янычар.