К этому времени Венецию на море превзошли Османы и Габсбурги - империи, обладавшие огромными ресурсами и многочисленными морскими подданными. Османы, подобно древним персам, привлекали в военные флоты своих подданных, в то время как Габсбурги опирались на таких клиентов, как Генуя, владения, например Неаполь, и внутренние центры, такие как Барселона. Кроме того, Венеция оказалась перед страшной дилеммой. У нее не было друзей: Габсбурги угрожали венецианской независимости, османы - их империи и торговле. Балансирование между этими угрозами в XVI веке стоило Венеции большей части ее морской империи.
Вплоть до 1570-х гг. османы владели инициативой; их централизованная империя оказалась более эффективной в мобилизации и развертывании сил, чем раздробленный христианский мир. Завоевав в 1571 г. Кипр, султан Селим изменил османскую стратегию, приказав своему адмиралу Али-паше уничтожить галерный флот Священной лиги, объединившей силы Испании, Венеции и Папы Римского. Два флота, насчитывавшие более 200 человек, встретились 7 октября у бывшего венецианского порта Лепанто в Коринфском заливе.
В последнем и самом крупном галерном бою флоты сошлись лицом к лицу. Обе стороны пытались максимально использовать свои преимущества, скрыть недостатки и использовать слабые места противника. Священная лига под командованием дона Хуана Австрийского, сводного брата Филиппа II, планировала разгромить центр Османской империи, сосредоточив там огромные флагманы, или галеры-фонари, а фланговые эскадры блокировать фланговые маневры Османской империи. Венецианцам, как наиболее умелым операторам на галерах с самой малой осадкой, достался участок на берегу. У христиан было больше кораблей и больше солдат, и они, как правило, сражались с более высоких палуб. План Османской империи был рассчитан на превосходство в тактическом мастерстве, чтобы развернуть оба фланга союзников.
Научившись ценить огневую мощь, венецианцы переоборудовали лишние торговые галеры в галеасы - большие, хорошо вооруженные гребно-парусные гибриды, на каждом из которых было больше пушек, чем на пяти галеасах. Шесть из них были развернуты перед линией дона Хуана, по две на каждую дивизию, чтобы разбить наступающий турецкий строй. Четыре из них заняли позиции в центре и на левом фланге христиан, где потопили несколько галер и дезорганизовали продвижение османов. Несмотря на это, правое крыло османских войск обошло венецианский фланг. Как только турки увязли, венецианский адмирал Агостино Барбариго умело развернул свою линию и смял их к берегу артиллерией и ближним боем, в котором погибли Барбариго и многие другие венецианские офицеры.
Али-паша предпринял яростную атаку на христианский флагман, прижав центр союзников, а его фланговые эскадры развивали решающие фланговые атаки. Здесь тяжелые корабли дона Хуана принесли свои плоды. Как только они открывали огонь из своих носовых орудий, обычно в упор, обе стороны принимались за дело. Любой корабль, который попытается отвернуть, будет уничтожен. Буквально сцепившись в бою, солдаты обменивались ракетным огнем с плотно набитых палуб и пытались высадиться на борт, а с других галер на главные платформы поступали свежие солдаты. Наконец, испанская пехота, многие из которой были облачены в доспехи и стреляли из мощных мушкетов, бросилась на флагман Али-паши. Сраженный мушкетным выстрелом, Али был схвачен, перетащен на флагманский корабль Дон Жуана и обезглавлен. Турецкий центр рухнул.
Две галеры, прикрывавшие правый фланг союзников, не вышли на позицию, что помогло османскому командующему Улуджу Али обойти пешего генуэзского адмирала Джан Андреа Дориа. Постоянно угрожая незащищенному правому флангу Дориа, Улудж вытеснял христианскую эскадру с позиции, отрывая ее от центра. Как только образовалась подходящая брешь, он бросился назад, на фланг Дон Жуана. Он подошел к месту главного сражения как раз в тот момент, когда центр османской армии рухнул, и столкнулся со свежим резервом союзников. Когда сражение было проиграно, а адмирал погиб, единственным выходом оставалось бегство. Тридцать галер, которые вел Улудж, были единственным целостным османским соединением, которому удалось спастись от катастрофы.