Было захвачено более 60% османских кораблей, убито или взято в плен не менее 30 тыс. человек - половина флота, освобождено множество христианских рабов на галерах. На одном уровне христиане мало что сделали со своей победой, поскольку сезон кампаний почти закончился, и они не договорились о более высокой политике. Однако реальный результат стал очевиден в 1572 году. Османский флот, состоявший из более чем 200 наспех построенных галер, вновь появился в греческих водах, но Улудж Али старательно избегал боя, пережидая его под пушками Модона, где союзники не решались атаковать. Несмотря на то что османские галеры были заменены, опытные лучники, морские пехотинцы и, прежде всего, старшины и пилоты оказались незаменимыми. Новый флот был лишь тенью того, что сражался при Лепанто. Венецианцы и испанцы позаботились о том, чтобы ущерб, нанесенный в тот день, сохранился на десятилетия, казнив всех опытных мореплавателей. Турецкие солдаты были хорошими рабами на галерах, но турецкие моряки были слишком опасны, чтобы оставлять их в живых.
Победа при Лепанто спасла Корфу и Далмацию от османских нападений, но не смогла вернуть Кипр. Вольтер положил начало давней традиции, когда отверг битву при Лепанто как пустое зрелище, не дающее никаких результатов, - аргумент, неверно понимающий ментальный мир Венеции и христианства XVI века. Лепанто оказало огромное, бодрящее психологическое воздействие на христианский Запад, положив конец десятилетиям турецких успехов так, что это можно было отнести к божественному вмешательству. В Венеции оно положило конец затянувшемуся кризису доверия, восходящему к Зонкио, и приобрело огромное символическое значение, поскольку республика перестраивала свою идентичность для уменьшившегося будущего.
Венеция развернула Лепанто, чтобы восстановить свое военно-морское превосходство, прославить флотский героизм и порадоваться тому, что Республика все еще умеет воевать. Героическое руководство адмиралов Себастьяно Веньера и Агостино Барбариго почиталось на римских триумфах в сопровождении пленных рабов. В сражениях участвовали представители всех слоев общества: аристократы, корабельщики и гребцы, отмечавшие свою принадлежность к морскому флоту в череде событий, объединявших светское и духовное. Морская слава была общей валютой, когда большая часть населения была связана с морем.
Однако Венеция не могла жить на славу: ей нужно было торговать с Востоком, а для этого требовалось договориться с Великим Турком. Оказавшись между верхним и нижним жерновами власти Габсбургов и Османской империи, Совет десяти тайно начал мирные переговоры. Венеция нуждалась в соглашении с одной из великих континентальных держав: Турция была лучшим экономическим вариантом. Сенат выступал за продолжение войны, но более взрослые и мудрые люди решили иначе. У "нации корабельщиков" не было другого выхода. Война была феноменально дорогой: содержание всего галерного флота требовало от венецианцев огромных затрат. Понимая, что мир станет нежелательным сюрпризом для высокомотивированного населения, правительство поспешило прекратить празднование Лепанто.
Они также завершали эпоху венецианского величия. В 1572 и 1573 гг. христианские, а затем османские амфибийные флоты захватили и отвоевали Тунис, что стало последней крупной операцией флотов военных галер. Больше они не были мобилизованы. Венецианские галеры вернулись к борьбе с пиратством, а их бывшие испанские союзники не смогли войти в Ла-Манш в 1588 году. Средиземноморская военная галера, как подчеркивал Джон Гилмартин, была "эволюционным тупиком", созданным для театра военных действий с небольшими расстояниями и высокой концентрацией сил, усеянного укрепленными военно-морскими базами, необходимыми для продолжительных операций. Галерам и их экипажам требовался безопасный выход на берег каждые несколько дней, их боевая эффективность быстро снижалась, если корпус не подвергался регулярной чистке и смазке, а гребцы не получали отдыха, питания и воды. Кроме того, умение грести на галере перестало быть актуальным для любой экономической деятельности, а люди, как рабы, так и свободные, становились дорогими, и стратегическая мощь могла быть обеспечена более прочными, мобильными и устойчивыми парусными судами. Гребные военные корабли оставались полезными для работы в прибрежных и речных водах, но построенный на гонках галеон изменил все.
Не случайно упадок военной галеры совпал с упадком венецианского могущества и центральным положением в мире Средиземноморья. Корабли, государства и океанские плавания развивались гораздо быстрее и фундаментальнее, чем город-государство Венеция. Рост протогегемонистских сухопутных империй вновь свел морскую мощь к маргинальному статусу. Последними морскими державами станут более крупные государства, владеющие более широкими океанами, но и они будут подавлены континентальными гегемонами.