Присутствие европейской эскадры в водах Крита в 1886 году и угасание воинственных настроений в Греции заставили христиан, живущих на этом острове, ограничиться платонической декларацией о союзе во время этого кризиса. И только в 1889 году произошло новое восстание, причины которого, однако, отличались от тех, что вызывали прежние выступления. В тот год ссора разгорелась не между христианами и мусульманами, а между двумя политическими партиями, называемыми либералами и консерваторами. На самом деле ее породило желание получить или сохранить должность вместе с теми доходами, которые она приносит.
Либералы, добившиеся на выборах этого года подавляющего большинства голосов, уволили со всех постов представителей другого лагеря; в результате этого пять консервативных депутатов выдвинули требования объединиться с Грецией, желая позлить своих врагов.
Трикупис, который все еще правил в Афинах, призвав на помощь Крипариса, греческого консула в Ханье, сделал все возможное, чтобы прекратить агитацию, которую он считал неуместной, и подчеркнул, что Крит – только часть общего эллинского вопроса. Но магическое слово «союз», будучи произнесено, породило в соперничающих партиях скрытую вражду, и то, что первоначально было борьбой за хлебные места, превратилось в религиозную войну между христианами и мусульманами. Приезд имперского специального комиссионера, которому было поручено предложить критянам двадцать тысяч фунтов и пообещать создать сельскохозяйственный банк, только встревожил мусульман, не удовлетворив при этом христиан.
Начались убийства, за ними последовала месть; представители одной конфессии поджигали селения другой; крестьяне, исповедовавшие ислам, наводнили приморские города, а христиане бежали в Афины. Пока Порта посылала войска небольшими частями, Трикупис убеждал державы, и в особенности Британию, приступить к действиям.
Султан, отозвав своего посла, 24 ноября издал фирман, в котором фактически отказался выполнять пакт, заключенный в Халепе, объявил должность генерал-губернатора бессрочной, сократил число членов Ассамблеи до 57 человек (из которых 35 были христианами), объявил о создании жандармерии из жителей других османских провинций, установил фиксированный налог на масло и предоставил преимущество в получении должностей тем, кто владел турецким языком (который не был официальным языком на Крите).
Этот фирман вызвал всеобщее разочарование, а его демократическое условие о том, что судей по-прежнему должен избирать народ, породило одну из самых больших трагедий на острове. Восстание закончилось, но случайные стычки продолжались; и преступник по имени Лиапис, совершивший много убийств, был представлен жителям Афин как герой, пока Делигианнис, сменивший в 1890 году Трикуписа, но продолживший его политику умиротворения, не запретил культ этого негодяя.
Все это время пост генерал-губернатора Крита занимали три мусульманина подряд, к явному преимуществу мусульманского меньшинства на острове, пока наконец в 1895 году султан, прислушавшийся к жалобам критян, не назначил на место вали пашу Александра Карафеодори, христианина, правившего Самосом. Кроме того, было увеличено число депутатов Ассамблеи, которая не собиралась с 1889 года, до 40–65 христиан и 25 мусульман. Всем казалось, что угроза новых столкновений была устранена.
Но мусульмане Крита, как и большинство меньшинств, привыкших к власти, решили доказать, что доверять управление островом христианам нельзя. Начались убийства христиан; был создан христианский комитет реформ, который только ухудшил положение; а Карафеодори, который сумел завоевать популярность у мусульман, был лишен своим собственным правительством средств для содержания жандармерии.
Назначение его преемником мусульманина вместо того, чтобы успокоить исламистскую партию, возмутило обе стороны, ибо мусульмане хотели военного губернатора, а христиане – своего единоверца. Такова была ситуация, когда 24 мая 1896 года, после кровавого конфликта на улицах Ханьи, вспыхнуло восстание, покончившее с турецким правлением на Крите. Султан последовал совету держав, возродил Халепский договор, пообещал созвать Генеральную ассамблею, даровать амнистию и даже назначил христианского губернатора в лице Георга Беровича, который одновременно правил и Самосом, но было уже поздно. Одна комиссия, в состав которой входили европейские офицеры, должна была организовать жандармерию, а другая – реформировать трибуналы. Эти мероприятия, одобряемые христианами, по мнению мусульман ориентировавшимися на султанский дворец, должны были остаться обычными реформами на бумаге, и им необходимо были сопротивляться. Эти настроения усилил приезд турецкого офицера, принимавшего участие в армянской резне в городе Ван.