Ситуация на Крите долго тревожила дипломатов Европы. На поиски губернатора острова у них ушло полтора года. Эту должность предлагали швейцарскому федеральному консулу, люксембургскому полковнику и черногорскому министру, но ни один из них не прошел. А тем временем Германия покинула Европейское сообщество, пытавшееся решить проблему Крита, а за ней ушла и Австро-Венгрия. Армии четырех оставшихся держав, при поддержке кораблей своих военно-морских сил, которыми командовал итальянский адмирал Каневаро, заняли прибрежные города. Британцы заняли Кандию (Ираклион), русские – Ретимнон, французы – Ситию и островок Спиналонга, итальянцы – Иерапетру, а все четыре совместно – Ханью. В эти места согнали мусульман; особенно много их скопилось внутри кордона в Кандии. Открытые пространства остались в руках христиан. Была созвана миграционная ассамблея под председательством Сфакианакиса, которая стала выпускать указы, скрепленные печатью Миноса. Решение критского вопроса ускорила атака на британцев в бухте Кандии и убийство их вице-консула 6 сентября 1898 года. Адмиралу Ноэлю удалось достичь того, чего так долго не могли добиться дипломаты; главари были повешены, и через два месяца после трагедии в Кандии последний турецкий полк покинул Крит; только в форте на островке в заливе Суда остались еще турецкие солдаты.
26 ноября представители четырех держав-защитниц собрались в Афинском дворце и предложили принцу Георгу (сыну короля Георга I) занять на три года пост верховного комиссионера Крита под властью султана. Каждая страна обещала выделить новому правительству по 40 тысяч фунтов на первые расходы. Это предложение было принято благодаря влиянию царя Николая II, которому принц Георг спас жизнь, когда на него было совершено покушение в Японии. 21 декабря 1898 года новый правитель Крита высадился в Суде.
Через пять дней уехали адмиралы; и хотя войска четырех держав еще оставались на Крите, верховный комиссионер стал единственным ответственным правителем острова. Его представители в Риме под руководством адмирала Каневаро, ставшего итальянским министром иностранных дел, сформировали критский Ареопаг, в котором по-прежнему обсуждались дела острова. Принц управлял Критом восемь лет, хотя первоначально планировалось назначить его всего лишь на три года. Первые пять лет его правления на острове царил мир. Популярный среди христиан, он пытался завоевать любовь и у мусульман; совершая паломничество в монастырь Аркадион, он также посещал и главную мечеть в Ханье. Ему удалось добиться даже того, что сфакиотские вожди сложили оружие.
Для составления конституции была создана смешанная комиссия под руководством Сфакианакиса; и в 1899 году первая Ассамблея автономного Крита, в состав которой вошло 138 христиан и 50 мусульман, собралась, чтобы обсудить ее проект. В соответствии с этой конституцией принц назначил пять «советников» (один из них был мусульманином), хотя ему было разрешено назначить десять членов палаты депутатов. Этот орган должен был избираться раз в два года, но стал собираться ежегодно. Сфакианакис, сыгравший столь важную роль в освобождении своей страны, удалился от дел. «Впервые за 1900 лет, после римского завоевания Метелла, – писал один афинский журнал, – Крит получил совершенно независимое правительство».
Наконец русские власти покинули Ретимнон, а британские – Кандию (Ираклион). Разоружение этого самого опасного района на острове, окончательная ликвидация в нем преступности, создание почтовой службы и увеличение доходов провинции – всего этого сумели добиться в Кандии Чермсайд и его помощники.
Отъезд британцев дал новый импульс к мусульманской эмиграции, которую поощрял турецкий султан; согласно переписи 1900 года, мусульманское население острова составило лишь одну девятую часть всех его жителей, да и проживало оно в основном в тех главных городах. На острове появился корпус жандармов, офицерами которого служили итальянские карабинеры; они сменили черногорцев. Дальнейшим шагом к независимости стало появление критского национального флага, почтовых марок и мелкой монеты. Элевтериос Венизелос, самый талантливый из советников принца, предложил в течение трех лет преобразовать остров в княжество, подобно Самосу.
Это предложение очень не понравилось Афинам, где опасались, что Крит, однажды вкусивший плоды полной независимости, больше не захочет объединяться с Грецией, и последующее увольнение дерзкого советника привело к полному разрыву между ним и верховным комиссионером. Выборы мэров и цензура прессы, которые, по мнению принца, должны были «есть с его рук», породили трения с Ассамблеей; и в начале 1904 года недовольство его правлением стало очевидным.