Испанский народ, подстрекаемый священниками-фундаменталистами, начал герилью, так называемую маленькую войну. Ее основные действия заключались во внезапных и нерегулярных нападениях отдельных партизанских отрядов, не ввязывавшихся в полноценный бой с противником. Партизанская война — это оружие слабых, по сути — одна из форм терроризма. Ее задачей было деморализовать и ослабить оккупационные войска. Скверное положение дел в Испании показало Наполеону, что военные конфликты не ограничиваются одними битвами армий, в которых имеет значение только военное и техническое превосходство. В своих «Воспоминаниях» маршал Сюше описывал многочисленные формы, которые принимала эта борьба против французской армии: «Дух предков воодушевил испанцев на борьбу, когда Наполеон, уязвив их гордость, предпринял попытку покорить этот народ силой. Всем известно, что решивший защитить свой очаг народ — это несокрушимая физическая и моральная сила, и без ее поддержки наскоро сформированные армии вряд ли смогут оказать достойное сопротивление захватчикам. Испанская молодежь, взяв в руки оружие и вступив в ополчение, постоянно вела национальную войну против французской армии и в открытых, и в партизанских сражениях. Но большая часть населения, независимо от возраста и пола, казалось, начала какое-то упорное соревнование друг с другом по поимке врагов. И это изматывало нас больше, чем обычные сражения, так как каждый кантон вел собственную герилью, защищая свою территорию, но при этом участвуя и в общей оборонительной борьбе. Крестьяне, промышленники, отцы семейств, священники и монахи без колебаний покидали свои дома, чтобы восполнить силы, которые наступали на нас».
Как ни парадоксально, но французская армия проиграла эту кампанию в сфере политики и психологии именно из-за своего военного превосходства и неоправданно жестоких мер подавления оппозиционно настроенных сил. Не существует «чистых» войн, но война в Испании стала самой грязной из всех наполеоновских кампаний. Когда противостояние враждебных сторон достигает наивысшей точки, а отношение к противнику в обоих лагерях граничит с бесчеловечностью, в этот момент первостепенное значение приобретает дисциплина и способность контролировать действия солдат, иначе наступает хаос. Чем дольше длится война, тем больше вероятность ее проиграть, поскольку возрастает количество неконтролируемых рискованных ситуаций, в которых невозможно придерживаться определенных правил поведения.
В окружении враждебно настроенного населения французские солдаты, не знающие языка этой страны, а потому целиком зависящие от переводчиков, с каждым днем совершали все больше промахов и оплошностей. Измученные и запуганные солдаты психологически находились в состоянии постоянного стресса, влекущего за собой кровавые репрессии. Их цель виделась в искоренении терроризма, но на самом деле расправы только провоцировали его рост. Капитан Николя Марсель свидетельствовал, что этому замкнутому кругу — жестокости оккупантов и не менее жестокой мести покоренного народа — не давали разорваться карательные экспедиции, закамуфлированные под военные действия. Одна из таких экспедиций, возглавляемая Дютуа, «очень храбрым офицером, прославившимся своей беспристрастностью», была следствием убийства шестидесяти спящих гусар: «Подойдя к городу, мы уже не сомневались в том, что все его население восстало против нас. Все жители и среди них несколько солдат маркиза де Ла Романа, вооруженные ружьями и косами, укрываясь в горах, поджидали нашего приближения. […] Наши солдаты перекрыли отступление большей части повстанцев и начали колоть штыками всех: женщин, детей, никому не было пощады». Французская армия одержала многочисленные тактические победы в неорганизованной партизанской войне, но эти победы были пирровыми, так как в стратегическом отношении французы потерпели полное поражение.