Бортовой бомбардировщик-торпедоносец для I-400 разрабатывался фирмой Aichi и получил обозначение М6А1 Seiran. Это был поплавковый моноплан с рядным двигателем жидкостного охлаждения. Для размещения “Сейранов” в ангаре были разработаны специальные стартовые тележки, которые могли передвигаться по рельсам, проложенным по полу ангара, а затем по треку катапульты (при открытой двери ангарный рельсовый путь соединялся накладками с рельсовым треком катапульты). Тележка имела встроенный гидравлический подъемник, который позволял опускать самолет при закатывании в ангар и наклонять, придавая бомбардировщику дополнительный угол атаки в 3,50, при установке его на пусковую позицию катапульты. В ангаре тележка фиксировалась на рельсах особыми зажимами, а на стартовой позиции зацеплялась за крюк силового поршня катапульты. Поплавки самолетов хранились под палубой в двух герметичных цилиндрических тоннелях (потри поплавка в каждом). Поплавки крепились на тележках и попарно подавались на палубу по рельсам по мере необходимости.
Перед ангаром в носовой части лодки была установлена специально спроектированная катапульта Тип 4, мод. 10, с длиной трека 27 м (угол возвышения 3 0) и шириной колеи 1,2 м, рассчитанная на запуск самолетов весом до 5 тонн. Она обеспечивала разгон самолета до скорости 34 м/с, и старт с перегрузкой до 2,5 g.
У левого борта был установлен складной 12-тонный подъемный кран (убирающийся в углубление палубы), предназначенный для приема на борт самолетов после их приводнения.
Кроме основного авиационного вооружения, лодка имела восемь носовых 533-мм торпедных аппаратов (запас торпед — 20 штук), кормовое 140-мм орудие и десять зенитных автоматов калибра 25 мм (три трехствольных и одна одноствольная установки). Имелись радиолокационные станции обнаружения надводных и воздушных целей. Чтобы снизить радиолокационную и акустическую заметность легкий корпус лодки покрыли специальным каучуковым составом. Правда, несмотря на все принятые меры (применение резинометаллических амортизаторов, каучуковое покрытие) шумность лодок STo оставалась достаточно высокой.
На корабле были обеспечены хорошие условия обитаемости, запасы пресной воды и провизии соответствовали автономности в 90 суток, хотя по запасам топлива подлодка могла находиться в море более 100 суток (дальность плавания экономическим ходом — 37500 миль). Рабочая глубина погружения составляла 100 метров.
Лодки STo строились в условиях чрезвычайной секретности, и принимаемые японцами меры увенчались успехом. Уже после войны американское командование было вынуждено признать, что появление японских подводных авианосцев было для него полной неожиданностью. Первый подводный авианосец — I-400, был передан флоту 30 декабря 1944 года, а 8 января 1945 года был принят и второй — I-401. Третья лодка — I-402 достраивалась в Сасебо, однако в марте 1945 года уже практически готовую лодку вернули в док, чтобы перестроить ее в танкер. Тогда же было прекращено и строительство I-403, на тот момент ее готовность составляла 60 %. В конце этого же месяца заказ аннулировали, и лодку разобрали на верфи флота в Сасебо.
Не повезло и последнему заложенному подводному авианосцу — лодке I-404. Хорошо замаскированная I-404, находящаяся на верфи в Куре, готовность которой составляла более 95 %, при очередном налете случайно потопила американская авиация.
Подлодки I-400 и I-401 составили основу 1-й подводной ударной флотилии, основной боевой задачей которой была атака шлюзов Панамского LD канала, назначенная на июль-август 1945 года. Кроме лодок типа STo в состав 1-й подводной ударной флотилии были включены и менее крупные лодки-авианосцы I-13 и I-14 (типа AM).
Они были заложены в феврале-апреле 1943 года, из-за опасений, что строительство больших подлодок STo, может затянуться. Проект лодок типа AM представлял собой модернизацию крейсерских лодок типа А2 (лодки ретрансляторы — в их задачу входила ретрансляция радиосигналов управления морского штаба на всей акватории Тихого океана), на которых был установлен ангар на два бомбардировщика-торпедоносца Seiran. Благодаря этому удалось использовать уже имеющийся задел металла и механизмов. Всего было заложено четыре лодки этого типа, I-13, I-14, I-15 и I–1 (которая изначально строилась как авианосец), но достроены только две — I-13 и I-14 (вошли в строй соответственно 16.12.1944 г. и 14.03.1945 г.).