Лодки типа AM имели по сравнению с исходными лодками А2, более широкий корпус, и, соответственно, большую осадку и водоизмещение. Увеличенный ангар для хранения двух гидросамолетов (внутренний диаметр 3,5 м), располагался над прочным корпусом (в одной диаметральной плоскости), а боевая рубка (также в виде горизонтального цилиндра), была смещена к правому борту. На них устанавливалась менее мощная и более экономичная дизель-электрическая установка с устройством работы дизелей под водой (“шнорхель”), однако использование существенно более громоздкого и тяжелого авиационного оборудования, рост запасов авиационного бензина, и численности экипажа (до 108 чел.) привели к тому, что значительно сократилось число топливных танков, и в результате дальность плавания 16-узловым ходом не превышала 21000 миль, существенно ухудшились и условия обитаемости. После всплытия подлодки в надводное положение для подъема в воздух обоих гидросамолетов требовалось не менее 30–35 минут.
К 1-й подводной ударной флотилии был приписан и 631-й авиакорпус (оснащенный самолетами М6А1 Seiran). Уже с осени 1944 года летчики 631-го авиакорпуса (в него были собраны уцелевшие пилоты гидропланов подлодок со всего флота, в том числе и знаменитый “ударник” по Америке Нобуо Фудзита) приступили к освоению нового самолета и комплексным тренировкам. Для ускорения обучения с двух прототипов Сейрана даже сняли поплавки и установили их на колесное шасси, эта учебная модификация получила обозначение M6A1-Ki Nanzan. В горах в северо-западной части острова Хонсю японцы построили макеты изображающие панамские шлюзы, на которых пилоты отрабатывали бомбометание. Учебные катапультирования осуществлялись прямо с лодок, стоящих у причала, при этом с них каждый раз приходилось убирать маскировку (стога сена и даже сенокосилки), скрывавшую лодки от бомбардировок американской авиации, которая уже безраздельно господствовала в небе над Японией. Тренировки крайне осложнялись нехваткой горючего, 1-я подводная ударная флотилия числилась в резерве, а имеющийся на базе флота в Куре небольшой запас топлива предназначался, прежде всего, для боевых подразделений. Поэтому в середине июня I-400 и I-401, были отправлены в поход в китайский Дайрен, чтобы получить необходимое горючее и продовольствие. Однако в Японском море I-401 наткнулась на американскую магнитную мину и получила серьезные повреждения, после чего ей пришлось возвратиться на базу.
К июлю 1945 года 1-я подводная ударная флотилия достигла боевой готовности (потеряв при этом в катастрофах два “Сейрана” вместе с экипажами), был утвержден и план удара по Панамскому каналу — флотилия должна была отплыть с Японских островов на юг, пройти через Индийский океан, обогнуть Африку у мыса Доброй Надежды, войти в Атлантический океан, а затем подняться на север к Карибскому морю, чтобы нанести удар по каналу с неожиданной стороны, не из Тихого океана, где американских флот ожидал нападения, а из Атлантического, где японских кораблей не ждали. Шесть из десяти самолетов флотилии должны были атаковать ворота шлюзов торпедами, а четыре бомбить их с пикирования. Однако в последний момент морской генеральный штаб отложил атаку канала, решив использовать 1-ю ударную флотилию в более насущной с его точки зрения операции, получившей кодовое название “Хикари” (“Свет”) — уничтожению американских авианосцев, находящихся у атолла Улити. Причем для нанесения авианосцам максимального ущерба, летчикам флотилии предписывалось действовать методами камикадзе — “Сейраны” должны были запускаться с лодок без поплавков (посадка не предполагалось) и с заправкой топливом только на путь до цели. Пилот “Сейрана” с I-400, Казуо Такаши (Kazou Takahshi) вспоминает, что за два дня до выхода с базы командир лодки капитан 1-го ранга Аридзуми вручил каждому пилоту персонально самурайский меч (короткий меч Токо) с выгравированной на нем подписью командующего Объединенным флотом адмирала Тойеда в знак того, что теперь они становятся отважными пилотами-камикадзе.
Для обеспечения операции “Хикари” 3 июля лодки были I-13 и I-14 отправлены к атоллу Трук (еще удерживаемому японскими войсками), чтобы доставить туда разобранные разведывательные самолеты C6N1 “Сайюн”, которые должны были уточнить дислокацию американских авианосцев. Однако 16 июля I-13 была потоплена самолетами с американского эскортного авианосца Anzio в 500 милях к востоку от Йокосуки.