Отправляясь в путь, сам Лилиенталь не сознавал всей трудности возложенной на него задачи. Ему предстояло убеждать в «благих намерениях правительства» людей, которые непрерывным рядом преследований были низведены на степень париев; предстояло уверять, что правительство желает добра тем детям, которые тысячами сдавались в солдаты и ссылались в далекие края на верную гибель, духовную или физическую. Руководимый непосредственным чутьем народ просто объяснял себе новый шаг правительства: раньше крестили детей через казарму, теперь станут крестить и через школу. Когда Лилиенталь приехал в Вильну (в начале 1842 г.) и в большом собрании еврейского общества сообщил о плане правительства и «друга евреев» Уварова, его выслушали с явным недоверием. «Старцы сидели, погруженные в глубокое раздумье, — рассказывает Лилиенталь. — Наконец главарь их задал мне многозначительный вопрос: «Знакомы ли вы, доктор, также с побуждениями нашего правительства? Меры, принимаемые против всех, не принадлежащих к греко-христианскому вероисповеданию, ясно показывают, что правительство желает иметь в государстве только одну церковь, заботится только о своей мощи и величии, а не о нашем благосостоянии». В ответ на это Лилиенталь привел внушительный довод «от противного»: противодействие новым мерам только раздражит правительство, которое пойдет по пути репрессий, между тем как теперь представляется возможность доказать, что евреи не враги просвещения и заслуживают лучшей доли. На вопрос, чем гарантировано еврейское общество, что в плане правительства не скрывается посягательство на иудейскую религию, Лилиенталь ответил торжественным обещанием, что он откажется от своей миссии, как только убедится, что правительство связывает с нею какие-нибудь тайные замыслы против иудаизма. Кружок «просвещенных» в Вильне поддержал Лилиенталя, и он уехал дальше с верою в успех своего дела. Но жестокое разочарование ждало его в Минске. Здесь, среди страстных прений в собрании, оппоненты выдвинули практические доводы: «Пока государство не предоставит еврею гражданских прав, образование будет для него только несчастием. Простой и необразованный еврей не гнушается унизительными занятиями фактора или мелкого торговца; еврея же образованного, но не имеющего возможности занять почетное положение в государстве, чувство недовольства поведет к отречению от религии, а для такого исхода честный отец не станет воспитывать своих детей». Минские противники казенного просвещения не ограничились разумными возражениями; в собрании и на улицах раздавались из толпы по адресу Лилиенталя оскорбительные возгласы.
Возвратившись в Петербург, Лилиенталь представил Уварову доклад, убедивший министра, что проведение школьной реформы — дело трудное, но не безнадежное. 22 июня 1842 г. был издан указ, установивший надзор министерства народного просвещения за всеми еврейскими училищами, хедерами и иешивами; было объявлено об учреждении в Петербурге комиссии из четырех раввинов «для содействия видам правительства» в проведении реформы. Приглашением раввинов хотели дать еврейскому обществу гарантию, что реформа не направлена против иудейской религии. Одновременно Лилиенталь был командирован для пропаганды в украинские и новороссийские губернии. Пред отъездом он опубликовал брошюру на еврейском языке: «Вестник спасения» («Magid jeschua»), в которой призывал общины идти навстречу желаниям правительства. В частных письмах к общественным деятелям он уверял, что указ о школах есть только предвестник ряда указов, направленных к улучшению гражданского положения евреев. На этот раз агитация Лилиенталя имела больший успех, чем во время первой поездки. В больших городах (Бердичев, Одесса, Кишинев) «друзья просвещения» встречали его приветливо и обещали содействовать успеху новых школ. Окрыленный надеждами, Лилиенталь вернулся в Петербург, чтобы принимать участие в работах созванной правительством «Раввинской комиссии», заседавшей в столице с мая по август 1843 г. Состав комиссии не оправдывал ее названия: в нее вошли только два духовных лица — представитель «миснагидов» Исаак Ицхаки, ректор высшей талмудической школы в Воложине, и вождь белорусских хасидов Мендель Шнеерсон; Украина и Новороссия послали в комиссию двух мирян — бердичевского банкира Гальперина и директора одесского реформированного училища Бецалеля Штерна. Представители духовенства горячо отстаивали традиционную еврейскую школу, хедер, против министерского «надзора», направленного к ее уничтожению. Достигнут был компромисс: пока не трогать хедера, а предоставить казенной школе свободно конкурировать с ним. Была выработана и программа преподавания еврейских знаний в новых училищах.