В декабре 1855 г. по постановлению Комитета министров материалы саратовского дела были переданы на рассмотрение специальной комиссии, образованной в Петербурге при департаменте духовных дел иностранных исповеданий под председательством уже упоминавшегося А. Гирса. В её состав вошли от министерства народного просвещения - профессор Петербургского университета Д. Хвольсон (еврей-христианин), от духовной академии профессор М. Левисон (еврей-христианин), священники Павский и Сидонский. В течение нескольких лет профессора изучали обширный материал, и на основании их подробного доклада комиссия заявила, что "не нашла ничего такого, чтобы могло относиться до употребления евреями вообще или кем-либо из них в частности христианской крови в видах осуществления какой-либо религиозной или суеверной цели; равным образом в книгах не открыто и таких мест, внутренний смысл коих был бы прямо или косвенно направлен к оскорблению христианской веры или поруганию над св. таинством оной".
Кроме того, комиссия установила, что картинка, будто бы изобличающая евреев в употреблении крови, оказалась иллюстрацией из еврейского пасхального рассказа, в котором говорится о египетском фараоне, купающемся в крови еврейских детей, чтобы излечиться от проказы.Вопрос о содержании молитвенных книг не вызвал разногласий в комиссии. Совершенно иное суждение было высказано по вопросу об употреблении евреями крови. Хвольсон и Левисон отвергли как существование догмата употребления человеческой крови, так и возможность подобного изуверства. Однако священник Павский дал уклончивый ответ, заявив, что в данное время разрешение вопроса невозможно, а священник Сидонский утверждал, что обвинение в детоубийстве вполне достоверно
, т.е. он высказался в духе Николая I по поводу велижского дела: раз среди христиан имеются примеры величайшего изуверства, то во всяком случае нельзя отрицать, чтобы и среди евреев не могло быть отдельных преступных изуверов.Председатель "судебной комиссии" А. Гирс, размышляя о существе дела, пришёл к выводу о необходимости наделения евреев всеми гражданскими правами
. К мнению А. Гирса присоединился, как это не покажется странным, министр внутренних дел П. Валуев, по мнению которого только поднятием материального и нравственного состояния евреев можно предотвратить возможность ритуальных преступлений и установить лучшие отношения между евреями и христианами. Мнение, высказанное П. Валуевым, встретило полную поддержку в Еврейском комитете и, наконец, в 1862 г. получило одобрение Александра II. Таким образом, можно считать, что мысль о смягчении ограничительных законов завоевала право гражданства в правительственных кругах.Отход от репрессивной политики в отношении евреев начался с рекрутчины. Более решительно и прогрессивно мыслящие чиновники и вельможи сочли необходимым высказать своё мнение о катастрофических последствиях непомерной рекрутчины
. И это позволило Еврейскому комитету заявить о необходимости отменить не только усиленные и штрафные наборы, но набор кантонистов. Такая отмена случилась благодаря закону от 26 августа 1856 г. Всё это принесло еврейскому народу громадное физическое и моральное облегчение, чем и было создано у еврейского народа неверное представление об Александре II как о человеке высоких моральных качеств.Однако отмена рекрутских репрессий, к сожалению, ничего не говорила о возможном расширении общегражданских прав. Поэтому Еврейский комитет стал готовиться к улучшению условий еврейской жизни, подготавливая соответствующие материалы.