«нашла подсудимого шт.-кап. Алексеева виновным в содержании у себя противу долга присяги и существующих узаконений в тайне от своего начальства и передаче другим таких возмутительных стихов, кои по содержанию своему, в особенности после происшествия 14 декабря, совершенно по смыслу злодеев, покушавшихся на разрушение всеобщего спокойствия, в необъявлении в своё время сочинения сего начальству, как того требует долг честного и верного офицера и русского дворянина, и в упорном пред начальством и судьями сокрытия того, от кого он получил те стихи; и за таковые учинённые им преступления,— на основании указов, состоявшихся в 31 день декабря 1682 и в 21 мая 1683 приговорила оного к смертной казни».
Комиссия повергла своё заключение на воззрение великого князя. 29 сентября всё производство было отослано к нему.
3 октября великий князь Михаил Павлович представил всё дело с сентенцией Комиссии и мнениями — своим и графа Орлова — начальнику Главного штаба барону Дибичу для доклада государю. Дежурный генерал, г<енерал>-ад<ъютант> Потапов, находя, что дело не приведено в надлежащую ясность, затребовал 20 октября мнение аудиториатского департамента. 23 октября требуемое мнение было уже доставлено. Аудиториатский департамент считал необходимым для дополнения дела отобрать показания от прикосновенных лиц: Леопольдова, Пушкина и Молчанова. Леопольдов должен был дать ответы на вопросы: когда он получил от Молчанова стихи, на какой бумаге и чьей рукой они писаны, была ли надпись «на 14 декабря», где полученный им от Молчанова экземпляр, послуживший оригиналом для находящегося в деле, и не его ли рукой переписан этот последний. От А. Пушкина надлежало отобрать показание: «им ли сочинены означенные стихи; когда, почему известно ему сделалось намерение злоумышленников, в стихах изъяснённое; в случае же отрицательства, не известно ли ему, кем оные сочинены». Наконец, прапорщик Молчанов должен быть спрошен, «для чего, о полученных им в феврале стихах не донеся тогда же начальству, дал оные в июне Леопольдову и (когда данные им на четвертушке отысканы будут), чтобы объяснил, тою ли самой рукой писаны, как даны Леопольдову и кем подписаны на 14 декабря. Комиссии же военного суда, коей дополнение дела сего поручено будет — заканчивал своё мнение аудиториат — все означенные показания и касающиеся оным обстоятельства прилежно и немедленно рассмотреть и своё на законном основании заключение представить по начальству, а между тем шт.-кап. Алексеева содержать арестованным».
25 октября последовала высочайшая резолюция: «исполнить по мнению аудиториатского департамента — продолжать в той же судной Комиссии».
29 октября начальник Главного штаба уведомил Михаила Павловича о резолюции и предписал управляющему министерством внутренних дел выслать в С.-Петербург Леопольдова.
Но пока дело шло по инстанциям, войска, пришедшие в Москву на коронацию, уже отправились на свои постоянные квартиры, и Комиссия, судившая Алексеева и состоявшая из штаб- и обер-офицеров л.-гв. конно-егерского дивизиона, присоединилась к своему полку, стоящему в Новгороде. Поэтому великий князь, отвечая, как командующий московским отрядом Гвардейского корпуса, 4 ноября начальнику штаба, предлагал последнему обратиться к командующему Гвардейским корпусом, т. е. к нему же, Михаилу Павловичу (это была необходимая формальность!), и приказать распорядиться «о продолжении нынешних действий Комиссии по сему дополнению дела в Новгороде, дабы членов оного суда сим новым поручением не отлучить от занятий». Михаил Павлович дополнил мнение аудиториата своим заключением, которое не предвещало ничего хорошего для Пушкина.