Когда Синод по инициативе Антония (Храповицкого) в мае 1913 года протащил решение о признании «ересью» имяславия, устроил погром русской монашеской общины на Афоне, Святитель Макарий не согласился и не смирился с этим. Провел в мае 1914 года свой суд над руководителями имяславия и оправдал их. При поддержке Царя стал снимать запрещения с осужденных священников и монахов, возвращать их к церковному служению. А в начале 1917 года в типографии Троице-Сергиевой лавры он успел еще выпустить труд Нилуса «Протоколы сионских мудрецов». Но грянула Февральская революция, и владыка Макарий срочно отправил своих доверенных спасать книгу. Уцелели только те экземпляры, которые они успели забрать. Немедленно примчался отряд революционеров и уничтожил весь оставшийся тираж.
Самого митрополита по инициативе нового обер-прокурора Синода от Временного правительства, масона Львова, сразу же уволили с Московской епархии. В нарушение всех канонов, «революционным» образом, созвали епархиальное собрание, которое выбрало на его место Тихона (Белавина), будущего Патриарха. А владыку Макария сослали в Николо-Угрешский монастырь. В насмешку отвезли туда на искалеченной лошади и разбитой телеге.
На Поместный Собор одного из самых почитаемых (и самых заслуженных) в России архиереев не пригласили. Он смиренно пришел сам, поскольку по положению о делегатах Собора имел однозначное право там присутствовать. Его не пустили! Но владыка Макарий столь же смиренно сел в прихожей, передав свои обращения через верных священников, делегатов Собора. И просил он не о своей «реабилитации» (в которой он и не нуждался). Он настаивал, чтобы комиссия Поместного Собора по богословским вопросам пересмотрела и отменила решение Синода, осуждавшее имяславие. Но этого не произошло (а в октябре 1918 года Патриарх Тихон и Синод даже дезавуировали постановление его суда, оправдавшее имяславие, подтвердили прежнее осуждение).
Когда к власти пришли большевики, Святитель Макарий не побоялся написать личное письмо Ленину. Отнюдь не подобострастное, без реверансов. Он решительно требовал освободить Царя и его Семью. В противном случае предрекал суровые кары еще при жизни, страшный конец и лишение разума (что и исполнилось через несколько лет). Вместе с другим убежденным монархистом, протоиереем Иоанном Восторговым, митрополит пробовал организовать операцию по спасению Государя. Увы, сделать ничего не удалось.
От Николо-Угрешского монастыря, где обретался владыка Макарий, вскоре осталась лишь часть, там разместили детский дом отдыха. Митрополит жил в старом архиерейском доме, у него парализовало ноги, он передвигался только в кресле. Ему и келейникам не дали хлебных карточек, есть было нечего. Но об этом узнали верующие в Москве, стали привозить ему хлеб, крупу. Приехал и Патриарх Тихон. Покаялся перед Макарием, что в 1917 году незаконно занял его Московскую кафедру. Они по-христиански, взаимно, попросили друг у друга прощения во всех обидах. Патриарх и Синод пожизненно поставили владыку митрополитом Алтайским. Но эта должность оставалась в значительной мере номинальной, Алтай был далеко, за линией фронта.
А в Николо-Угрешский монастырь к Макарию потянулись люди. Он уже славился как провидец, чудотворец. Чекисты устраивали у него обыски, изымали бумаги, которые считали «опасными». Но не арестовывали, опасаясь восстания местных крестьян. Вместо этого решили ликвидировать тайно, послали исполнителей. Охраны у митрополита никакой не было, но… его охранял Сам Господь. Когда убийцы подошли к его двери, они внезапно ослепли. А владыка вышел к ним, выкатился в креслице. Они в ужасе каялись, и им вернулось зрение. Причем эта история получила широкую известность в Москве, потому что после беседы со святым Старцем убийцы не могли молчать! На обратной дороге, в поезде, продолжали каяться и сами рассказывали о случившемся. Начальство послало других исполнителей, но… и с ними повторилось то же самое.
Когда среди духовенства случился раскол обновленчества, а потом и Патриарх пошел на уступки советской власти, начал поминать ее на службах, к владыке приезжали «катакомбники», отвергшие этот компромисс, предлагали возглавить Церковь. Он отказался. Но к нему обратилось и ОГПУ, зауважавшее неземное могущество Макария. И тоже предлагало возглавить Церковь (лишний раз расколоть ее). Он снова отказался [87]. После смерти Патриарха он принял местоблюстителя престола, митрополита Петра (Полянского), благословил его собственным белым клобуком. В 1925 году Николо-Угрешский монастырь окончательно закрыли. Владыка-Старец доживал век в частном доме в селе Котельники около Люберец, принимал паломников. В 1926 году он отошел к Господу.