С 1779 года Высокогорская пустынь являлась приписной к Саровской Успенской пустыни. Иеромонах Феофан, как бывший в числе братии Саровской обители, ввел в Высокогорской пустыни общежительное правило в молитве, в трапезе, в одежде и в послушаниях. С того же 1779 года арзамасцы удвоили обители ругу с пятидесяти до ста рублей в год с тем условием, чтобы в ней постоянно проживал строитель с шестью братиями, для чего были вызваны из Саровской пустыни два иеромонаха и один монах, а из Флорищевой пустыни иеродиакон и монах. С этого времени положение Высокогорской пустыни улучшилось и упрочилось, ей начали благотворить такие богатые и влиятельные лица, как князья Хованские, Путятины, Максутовы, Куракины, помещики Раевские, Панютины, Чемодановы и другие. По распоряжению Нижегородской казенной палаты в 1798 году для Высокогорской пустыни были отведены на реке Теше рыбные ловли, две мельницы и тридцать десятин земли в разных местах Нижегородской губернии.
Преосвященный Павел, епископ Нижегородский и Арзамасский, весьма часто посещавший пустынь, видел, что она хорошо устроена и по своему местоположению весьма удобна для уединенной монашеской жизни, и в 1798 году просил Святейший Синод о включении ее в число семибратских обителей, изъяснив в своем донесении, что она может содержаться и без жалованья от казны. Ходатайство Владыки было удовлетворено, и Святейший Синод включил Высокогорскую пустынь в число семибратских обителей на своем содержании, после чего она отошла из ведения Саровской пустыни и стала самостоятельной обителью Нижегородской епархии.
Арзамасская Высокогорская пустынь Вид с юго-запада. Середина XIX в.
Ко времени назначения отца Софрония настоятелем Высокогорской пустыни она являла собой сложившийся монастырский комплекс. В пустыни имелись следующие строения: соборная холодная каменная пятиглавая церковь в честь Вознесения Господня с двумя приделами в трапезе: во имя святого Иоанна Предтечи и в честь Успения Божией Матери. Первоначально она была построена в 1759 году вместо деревянной теплой, впоследствии перестраивалась в 1774 и 1826 годах. Церковь имела четырехугольную форму, полукруглый алтарь, поддерживаемый шестью колоннами. Над престолом находилась сень с изображением Триипостасного Божества, вокруг сени изображения двенадцати Ангелов; над алтарем была устроена ризница. С западной стороны – легкий портик и фронтон, опирающийся на восемь колонн, Иконостас в ней был пятиярусный, готической архитектуры, резной, вызолоченный на полименте, с иконами в старинном стиле. Своды в церкви и стены в алтаре были расписаны, придельные иконостасы столярной работы были окрашены в коричневый цвет и по местам вызолочены на полименте червонным золотом; теплая каменная одноглавая церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы с двумя приделами: правым – в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и левым – во имя святителей и чудотворцев Николая Мирликийского и Димитрия Ростовского. Церковь была построена в 1845 году вместо прежней, существовавшей с 1768 года. Иконостасы главного и придельных алтарей были одноярусные резные, с малыми колоннами, позолоченные на полименте и покрытые кармином. Стены и своды во всей церкви были расписаны. У западной стены были устроены два помещения: одно для ризницы, другое – для церковной утвари. В этой церкви находилась усыпальница, в которой были погребены князь Леонтий Девлет-Кильдеев, барон Шлиппенбах и его жена, Карауловы, Ушаковы и члены других известных фамилий; каменная однопрестольная домовая церковь во имя святителя и чудотворца Тихона Задонского (находилась в архиерейском корпусе);
каменная трехъярусная колокольня с десятью колоколами;
каменный двухэтажный келейный корпус, верхний этаж которого занимал настоятель, а нижний – братия (к северу от колокольни);
каменный двухэтажный корпус, на верхнем этаже которого были братские кельи, а внизу размещались трапезная, келарня, хлебопекарня, подвалы (к югу от колокольни);
кирпичное здание, построенное над глубоким колодцем, при нем водоподъемная машина и резервуар для воды, которая была проведена в келарню (к югу от теплой церкви);
третий каменный двухэтажный корпус братских келлий, располагавшийся от востока к западу вдоль северной стены;
каменная житница, или амбар (на запад от третьего корпуса братских келлий);
одноэтажный каменный, так называемый архиерейский корпус с церковью во имя святителя Тихона Задонского (на восток от третьего корпуса братских келлий).
Внутренний вид Вознесенской церкви Арзамасской Высокогорской пустыни. Начало ХХ в.
Все эти здания были покрыты листовым железом, окрашены краской и обнесены высокой каменной стеной с пятью восьмигранными башнями, вместе с фруктовым садом они занимали площадь четыре квадратных десятины земли.