Для изучения зарубежного опыта в Англию и Францию был направлен контр-адмирал Штофреген. К решению этой задачи подключились также морское министерство и министерство иностранных дел.
Наконец, после кропотливой подготовительной работы Государственный совет 1 июля 1868 года принял постановление о морской пограничной полосе. Оно гласило:
Пространство воды в три морские мили от русского берега как на материке, так и на острове признается морскою таможенною полосою, в пределах которой все, как русские, так и иностранные суда, подлежат надзору русских таможенных властей.
Всякое судно, русское или иностранное, которое войдет в морскую таможенную полосу, может быть подвергнуто осмотру таможенной стражей, причем шкипер судна обязан по требованию предъявить все имеющиеся у него как судовые, так и грузовые документы.
Всякое судно, вошедшее в морскую таможенную полосу, при подходе к нему судна под русским таможенным флагом должно остановить ход. В случае неисполнения сего таможенное судно делает по нему холостой выстрел, и если после этого все-таки вошедшее в морскую таможенную полосу судно не остановится, то крейсер, повторив холостые выстрелы, стреляет сперва по рангоуту (чтобы сбить паруса и мачты), а затем и по корпусу судна.
Преследование судна, не подчинившегося требованию крейсера в морской таможенной полосе, может быть продолжено и за пределами этого пространства в водах нейтральных.
Этим же постановлением впервые в России было учреждено особое морское крейсерство – для надзора за морской таможенной полосой с целью недопущения в страну контрабандных товаров.
В течение 1872–1873 годов, в основном на верфях Англии, было построено десять паровых винтовых судов; один паровой спасательный катер и сто одна шлюпка – на верфях России. Штат флотилии был утвержден в следующем составе: один контр-адмирал, двадцать девять штаб– и обер-офицеров, семь гардемаринов и сто двадцать девять нижних чинов. Укомплектование штаба было осуществлено полностью из морского ведомства. На основании «высочайше» утвержденного 4 июля 1873 года «Положения о Балтийской таможенной крейсерской флотилии» суда этой флотилии составляли часть военно-морского флота и состояли в его списке, однако в осуществлении своих функций по пограничному надзору находились в полном распоряжении министра финансов. На содержание флотилии из государственного бюджета выделялось двести тысяч рублей.
Вступление в строй новых судов таможенной охраны не замедлило проявить себя: контрабанда заметно уменьшилась. Случаи нарушения границы происходили все реже, а доходы от реализации задержанной контрабанды становились соответственно все меньше. Из этого факта в Департаменте таможенных сборов был сделан вывод, что флотилия свою задачу выполнила и содержать ее далее в таком составе экономически не выгодно. Началось постепенное «урезание» штатного состава и перепрофилирование судов. В 1881 году в составе Балтийской таможенной флотилии осталось три паровые шхуны и семь паровых баркасов, а спустя еще семь лет общее количество судов сократилось до шести единиц.
С выделением в 1893 году пограничной стражи в Отдельный корпус крейсерская таможенная флотилия вступила в новый период своего развития. Служба судов распространилась не только на моря, но и на крупные реки и озера. 1 декабря 1897 года было решено Балтийскую таможенную крейсерскую флотилию упразднить, входящие в ее состав суда исключить из списков военного флота и распределить между бригадами. Личный состав флотилий комплектовать: из офицеров пограничной стражи, по одному на каждое судно; командиров судов (шкиперов) и их помощников – из отставных офицеров флота и флотских штурманов или из лиц, имеющих звание шкипера дальнего плавания; машинистов и рулевых – из вольнонаемного состава; судовые команды – из нижних чинов пограничной стражи. Плавание флотилии разрешалось под особым установленным для нее флагом. В военное время суда флотилии передавались в морское ведомство. Состоящие на судах офицеры пограничной стражи заведовали лишь пограничным надзором и судовыми командами.
К концу XIX века все острее стал ощущаться недостаток судов на Балтийском и Ладожском направлениях. Здесь на протяжении трех тысяч верст крейсировали всего шесть кораблей. В марте 1900 года у князя Георгия Максимилиановича Романовского, герцога Лейхтенбергского, была приобретена паровая яхта «Роксана», а также построены крейсеры «Орел», «Абрек», «Ворон» и «Коршун». К 1 января 1901 года пограничники располагали семнадцатью паровыми судами и катерами.