В начале XX века флотилия стала переходить в качественно новое состояние: появились моторные суда с нефтеналивными двигателями, представляющие собой в то время последнее слово в технике судостроения. В декабре 1912 года был принят в эксплуатацию первый крейсер с дизельным мотором «Ястреб», переданный в Черноморскую бригаду. Обладая скоростью в 15 узлов, он имел район плавания в четыре раза больший, чем паровые суда, при одинаковом запасе топлива. Этот крейсер был построен «Обществом Николаевских заводов и верфей» по собственным чертежам для Отдельного корпуса пограничной стражи.
В октябре этого же года были испытаны и приняты на вооружение моторно-парусный бот и моторный катер для Ревельской бригады, которые показали высокую эффективность в борьбе с контрабандистами. И таких судов становилось все больше.
Непосредственно побережье морей охранялось при помощи шлюпок: на каждом посту имелась одна четырех– или шестивесельная парусная лодка, которая использовалась также для досмотра судов и для совершения рейсов между постами. Так как эти шлюпки из-за мелководья не могли близко подходить к берегу, то для сообщения с ними были заведены двухвесельные подвозные ялики. На шлюпках устанавливались две мачты с тремя парусами – кливер-фок и грот. Для управления шлюпкой назначался по годичному контракту вольнонаемный рулевой с окладом от 15 до 18 рублей в месяц и форменным довольствием. Гребцами выступали нижние чины того поста, при котором состояла шлюпка.
Это были довольно большие, неуклюжие суда с маленькими парусами, рассчитанные на четверых или шестерых гребцов. При ветре они могли идти довольно сносно, однако лавировать было практически невозможно: дрейф и течение сводили на нет все поступательное движение.
Кроме того, в некоторых бригадах до 1894 года имелись большие яхты-боты, носившие название «подвижных постов», но они были постепенно упразднены, так как часто терпели крушение. А впрочем, часто терпели крушение и другие парусные и гребные суда.
21 июля 1902 года в 7 часов утра от Феодосийского кордона Крымской бригады вышла шлюпка, имея на борту шестерых гребцов во главе с вахмистром. К одиннадцати часам она благополучно дошла до Коктебельского поста и спустя некоторое время начала двигаться обратно. Команде надлежало осмотреть рыбачьи баркасы и попутно отвезти на пост ларь для муки и известь для побелки кордонного здания. С полудня ветер переменился на северо-западный, который, по местным прогнозам, на следующий день должен был усилиться до штормового. В Феодосию шлюпка не вернулась. Она была опрокинута налетевшим шквалом, залита водой и, имея балласт из пяти мешков с песком, пошла ко дну, а люди погибли.
Узнав об этом, Николай II потребовал, чтобы в бурную погоду шлюпки пограничной стражи без крайней нужды не выходили в море. Родственникам погибших было выдано денежное пособие от 50 до 100 рублей, а на собранные личным составом средства на Феодосийском посту был сооружен памятник, откуда в последний раз шлюпка отошла в разъезд.
Как видим, нарушение мер безопасности допускалось и в то, далекое теперь от нас время, и это почти всегда приводило к бессмысленным жертвам.
Постепенно охрана морского побережья становилась все более эшелонированной, многоярусной и многослойной: на дальних подступах к границе несли службу крупные суда – крейсера, как их называли в пограничной страже, ближе к берегу курсировали катера – парусные боты, а у самого побережья – шлюпки. Береговую же полосу охраняли морские пограничные бригады, имевшие гораздо меньшую численность, чем сухопутные.
В последние годы существования Отдельного корпуса пограничной стражи шла оживленная дискуссия о судьбе флотилии. Дело в том, что крупные ее суда практически не задерживали контрабанды, содержание же их стоило дорого. Вот что писал по этому поводу один из офицеров: «…флотилия наша – роковая ошибка, которая, чем ранее будет устранена, тем лучше, так как пользы делу охраны она никакой не приносит в настоящем ее виде, а стоит очень дорого. И в самом деле, достаточно посмотреть типы судов наших: какие-то старые миноносцы, забракованные морским ведомством, настоящие старые калоши, на которых страшно плавать, остальные суда – сносные яхты для увеселительных поездок, но все они для охраны наших мелководных и каменистых берегов не годятся… За мою более чем двадцатилетнюю службу в морских бригадах я помню три-четыре случая задержаний более крупных, но до десятка не досчитался, а из официальных отчетов о деятельности Балтийских крейсеров за два года всеми ими сделано задержаний на четырнадцать рублей. Вообще задержания на флотилии составляют редкое явление. Так для чего она существует?»