О высочайшей квалификации Ватутина свидетельствует тот факт, что вскоре главные стратеги — маршал Борис Шапошников и генерал Александр Василевский, испытывая острую нехватку квалифицированных специалистов, из всех фронтовых командиров вновь выбрали Ватутина для работы в Генеральном штабе. Перевод Николая Ватутина в Москву состоялся в мае 1942 г. Но в ходе реорганизации Генерального штаба Ватутин, как это ни странно, был назначен на должность заместителя начальника Генштаба по Дальнему Востоку, хотя на хорошо известном ему Северо-Западном направлении события в его отсутствие стали развиваться по наихудшему сценарию. Очевидно, возглавить восточное направление было некому. Хотя прекрасной кандидатурой мог бы стать Герой Советского Союза генерал армии Григорий Михайлович Штерн, как пять своих пальцев знавший этот район благодаря победным боевым действиям на озере Хасан и реке Халхин-Гол в 1938–1939 гг. Но в должности начальника Главного управления противовоздушной обороны в октябре 1941 г. Штерн вместе с другими Героями Советского Союза, элитой авиации, был расстрелян. Незавидной была и судьба маршала Блюхера, отслужившего на Востоке около 10 лет.
Будучи в момент нападения немцев наиболее грамотным штабистом и стратегом в сталинском окружении, Николай Ватутин, не зная до конца стратегические планы Сталина, ужасался, в какую жуткую игру по заманиванию Гитлера «на наживку» в виде первого эшелона наших войск по воле случая он оказался вовлечён. Именно поэтому он всеми силами рвался из Генерального штаба на фронт к более конкретному и определённому делу. По воспоминаниям Василевского, летом 1942 г. прямо на заседании Ставки Верховного Главнокомандующего, где обсуждалось тяжелейшее положение на Воронежском фронте, Ватутин обратился непосредственно к Главнокомандующему с личной инициативой отправки его именно на этот фронт, вместо терпящего неудачи командующего фронтом Филиппа Ивановича Голикова:
С этого момента в биографии Ватутина начались победная полоса командования фронтами и путь в сталинскую западню в 1944 г., когда исход войны уже был ясен. У вождя было тонкое чутьё на тех, кто не поддаётся его гипнозу, в котором огонёк и дымок неизменной трубки, возможно, играли не последнюю роль, наряду с мощнейшей системой талантливой пропаганды, поднявшей его к концу жизни до божественных высот. Наверняка в момент перевода Ватутина в войска Сталин доподлинно понял, что этот генерал находится вне поля действия его всесокрушающей воли, а следовательно, не менее опасен, чем Тухачевский и прочие казнённые маршалы и генералы. Но пока, до поры до времени, именно этот «штабной генерал», как презрительно его называли поначалу некоторые коллеги и немцы в разбрасываемых листовках, два труднейших года был и разработчиком, и участником сложнейших и крупномасштабных наступательных операций.
Неслучайно немецкие командиры только Ватутина из генералов всех стран и фронтов уважительно называли «шахматистом» и «гроссмейстером». А в советской офицерской среде у него было прозвище «психолог», которое закрепилось за ним ещё с 1920‑х гг., когда он был курсантом, а потом и начальником полковой школы, где не просто учил подчинённых азам военного дела, но и умел найти подход к каждому.